| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,736,722 | C→A | 100% | G210G (GGC→GGA) | yiaK → | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,736,722 | 0 | C | A | 96.9% | 799.2 / 12.4 | 271 | G210G (GGC→GGA) | yiaK | 2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base A (111/151); total (115/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CCATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATCGCCGCATTTTGCCGATGGGCTACTGGAAAGGTTCTGGCATGTCGATTGTGCTGGATATGATCGCTACTCTCCTTTCCGACGGCGCATCCGTTGCCGAAGTCACCCAGGACAACAGCGACGAATACGGCA > CP009273/3736577‑3736867 | ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGtt < 1:1518720/149‑1 (MQ=255)ccATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGtt < 1:1639570/149‑1 (MQ=255) cATTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTa < 1:642532/149‑1 (MQ=255) aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTAt < 2:3941467/149‑1 (MQ=255) aTTCCTTCCACGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTAt > 1:3586348/1‑149 (MQ=255) cGCCGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAAt < 1:3534053/149‑1 (MQ=255) ccGATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATcg > 2:303442/1‑149 (MQ=255) gATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGCGTTATCGAGAAGAATcgcc > 2:516080/1‑149 (MQ=255) gATCACCATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATcgcc < 1:2014948/149‑1 (MQ=255) ccATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtt > 2:1155214/1‑149 (MQ=255) ccATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAACAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATAGCCGCAtt > 1:3786890/1‑149 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAttt < 1:3624089/149‑1 (MQ=255) cATGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAttt < 2:1651350/149‑1 (MQ=255) aTGGTCGATATGTCGATGTCGATGTTCTCTTACGGCATGTTAGAAGTTAACCGTCTGGCAGGTCGTCAGCTCCCGGTCGATGGTGGCTTTGATGATGAGGGCAATTTGACCAAAGAACCTGGAGTTATCGAGAAGAATCGCCGCAtttt < 2:1172839/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |