| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,798,582 | C→A | 14.5% | Q243H (CAG→CAT) | waaP ← | kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,798,582 | 0 | C | A | 14.5% | 754.2 / 73.2 | 253 | Q243H (CAG→CAT) | waaP | kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/92); new base A (24/13); total (148/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTAATTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAGCGGCGCGGTACTTT > CP009273/3798434‑3798725 | ttAATTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTc > 2:3544655/1‑149 (MQ=255) aTTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGt < 1:3681020/149‑1 (MQ=255) aTTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGt > 1:2181603/1‑149 (MQ=255) aTTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGt > 1:106043/1‑149 (MQ=255) ttCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGtt > 2:3466993/1‑149 (MQ=255) ttCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGtt > 2:3466883/1‑149 (MQ=255) ttCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGtt < 2:50190/149‑1 (MQ=255) ttCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGtt < 2:169967/149‑1 (MQ=255) tCATAATCTGCAACCAAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTc < 2:2365563/149‑1 (MQ=255) aaTCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAaga > 1:3017182/1‑149 (MQ=255) aTCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAagag < 2:839377/149‑1 (MQ=255) aTCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCAGGTTCAATAAATTCTGTTCAagag > 1:1398184/1‑149 (MQ=255) tCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAgaga < 1:2890892/149‑1 (MQ=255) cTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGAc > 1:3103354/1‑149 (MQ=255) tGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACa > 2:2628295/1‑149 (MQ=255) gCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACaa < 1:3090882/149‑1 (MQ=255) gCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACaa < 1:2822280/149‑1 (MQ=255) cAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAat < 2:3506551/149‑1 (MQ=255) aCCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAatat > 2:3699945/1‑149 (MQ=255) cccAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATAtt > 2:2449394/1‑149 (MQ=255) cAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATAtttt < 2:4074337/149‑1 (MQ=255) tttATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCg < 2:2054207/149‑1 (MQ=255) ttATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGt < 1:3401265/149‑1 (MQ=255) ntaaataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCa > 1:961832/2‑149 (MQ=255) ataaataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCa > 2:2012321/1‑149 (MQ=255) aaataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATc > 1:1709414/1‑149 (MQ=255) aaataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATc < 2:3909597/149‑1 (MQ=255) aaataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATc > 1:1631691/1‑149 (MQ=255) aataGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATcc > 1:1830351/1‑149 (MQ=255) taGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCa < 1:1225556/149‑1 (MQ=255) taGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCa < 1:675831/149‑1 (MQ=255) tCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCaaaa < 1:459762/149‑1 (MQ=255) tCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCaaaa < 1:3759359/149‑1 (MQ=255) tCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCaaaa > 1:1078190/1‑149 (MQ=255) tCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCaaaa > 1:126320/1‑149 (MQ=255) taataaAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATaa > 2:3409676/1‑149 (MQ=255) aaGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCtt < 1:1147520/149‑1 (MQ=255) aaGTTAGTTCCAGTACATAATAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCtt < 2:2941454/149‑1 (MQ=255) gttagttCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCa < 1:235271/149‑1 (MQ=255) tagttCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATa > 1:3031525/1‑149 (MQ=255) agttCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATaa > 1:3553335/1‑149 (MQ=255) gttCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATaaa < 1:3128815/149‑1 (MQ=255) aGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGcc < 1:3788044/149‑1 (MQ=255) gTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCa < 2:2694104/149‑1 (MQ=255) gTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCa < 2:4023342/149‑1 (MQ=255) aTACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGata > 1:868093/1‑149 (MQ=255) aTACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGata > 2:1422733/1‑149 (MQ=255) tACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGatat < 2:456078/149‑1 (MQ=255) cTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATAtct > 2:1886329/1‑149 (MQ=255) cTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATAtct > 2:940072/1‑149 (MQ=255) taataaATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATAtctc > 2:1716254/1‑149 (MQ=255) aataaataTTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATctct < 2:3826516/149‑1 (MQ=255) ataaataTTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGACTTAAAGCTTTCCATGTTCAATAAATTCTGTTCTAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCtt < 2:151849/149‑1 (MQ=255) taaataTTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCttt > 2:2280109/1‑149 (MQ=255) taaataTTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCttt > 2:1572674/1‑149 (MQ=255) atatTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCg > 2:2207057/1‑149 (MQ=255) atatTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCg > 2:131334/1‑149 (MQ=255) atTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTc < 1:3226482/149‑1 (MQ=255) tataATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGcc > 2:3155979/1‑149 (MQ=255) tataATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGcc > 2:139770/1‑149 (MQ=255) taATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCaa < 1:3654434/149‑1 (MQ=255) taATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCaa < 1:1540009/149‑1 (MQ=255) tCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAatat > 2:2989368/1‑149 (MQ=255) tCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAatat > 2:931856/1‑149 (MQ=255) tCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAatat < 1:1847659/149‑1 (MQ=255) tCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAatat > 1:1940305/1‑149 (MQ=255) tCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTAGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGACAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAatat > 1:2250097/1‑149 (MQ=255) ccTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATAtt < 2:3874838/149‑1 (MQ=255) cTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTc > 1:2503551/1‑149 (MQ=255) tttGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCa < 1:974101/149‑1 (MQ=255) tttGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCa > 2:1472133/1‑149 (MQ=255) tttGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCa > 1:2526810/1‑149 (MQ=255) tGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCAtt < 2:1089131/149‑1 (MQ=255) cGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATtga < 1:418984/149‑1 (MQ=255) gTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATtgat > 2:650644/1‑149 (MQ=255) tgtgTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATtgatga < 2:1830351/149‑1 (MQ=255) gtgtTCGCTCTTTAATACGCTCTGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATgag < 2:1211787/149‑1 (MQ=255) gtTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGaa > 2:2555959/1‑149 (MQ=255) cGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAata < 2:2822644/149‑1 (MQ=255) ctctTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAAtata > 1:1551078/1‑149 (MQ=255) ctctTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAAtata < 1:2019956/149‑1 (MQ=255) ctTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATaaa < 1:1652685/149‑1 (MQ=255) ttAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAAcc > 1:2143799/1‑149 (MQ=255) ttAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAAcc < 2:607939/149‑1 (MQ=255) aCGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCa < 1:4110704/149‑1 (MQ=255) aCGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCa < 2:961832/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTATGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAgg > 1:2675804/1‑149 (MQ=255) tCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTc > 1:2635529/1‑149 (MQ=255) gCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCttt > 2:784987/1‑149 (MQ=255) gCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCttt > 2:2846029/1‑149 (MQ=255) ccTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTa > 1:2452450/1‑149 (MQ=255) aCGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATcgcg > 1:652792/1‑149 (MQ=255) ttGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAg > 2:1658929/1‑149 (MQ=255) gCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcg > 1:411223/1‑149 (MQ=255) cATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcggc > 1:3837130/1‑149 (MQ=255) cATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcggc < 1:3940865/149‑1 (MQ=255) aTGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcggcg > 2:1531518/1‑149 (MQ=255) aTGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGAATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcggcg < 1:3466993/149‑1 (MQ=255) aTGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGAATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAgcggcg < 1:3466883/149‑1 (MQ=255) aaTAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAGCGGCGCGGTAc > 2:3487061/1‑149 (MQ=255) | TTAATTCATAATCTGCAACCCAATTTATAAAATAAATAGTCATAATAAAGTTAGTTCCAGTACATACTAATAAATATTTTTATAATCCTTTGCGTTGTGTTCGCTCTTTAATACGCTCGGCCTTAACGCTTGCCATGTTCAATAAATTCTGTTCAAGAGACAATATTTTGCGTAAAGGCATCCCAAAATAAACCTTCATAAATCGCCAGATATCTCTTTGCGTCAGGCCAATATTCATTGATGAGAAATATAAACCAATCAGGTCTTTATCGCGCCAGCGGCGCGGTACTTT > CP009273/3798434‑3798725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |