| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,888,274 | C→A | 29.4% | P88Q (CCG→CAG) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,888,274 | 0 | C | A | 29.4% | 412.0 / 140.3 | 216 | P88Q (CCG→CAG) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/54); new base A (37/27); total (134/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GCGTTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTC > CP009273/3888126‑3888422 | gCGTTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTAcc > 1:1696244/1‑149 (MQ=255) cGTTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCg < 2:3033123/149‑1 (MQ=255) ttACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCggg > 1:1246028/1‑149 (MQ=255) ttACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAggg < 2:8394/149‑1 (MQ=255) atccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGACCAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGc > 2:2016618/1‑149 (MQ=255) atccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGc > 2:3069950/1‑149 (MQ=255) atccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGc > 2:2321120/1‑149 (MQ=255) tccatTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCt > 2:1062809/1‑149 (MQ=255) atTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGaa > 2:385807/1‑149 (MQ=255) ccGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAAt < 1:589856/149‑1 (MQ=255) gACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGc > 2:3962168/1‑149 (MQ=255) gACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGc < 1:2367070/149‑1 (MQ=255) aCATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGcc > 1:650252/1‑149 (MQ=255) aCATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGcc > 1:3506814/1‑149 (MQ=255) cATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCa > 1:1085936/1‑149 (MQ=255) cATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCa > 1:2687842/1‑149 (MQ=255) cccTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGACGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATAGAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGa > 2:1662660/1‑149 (MQ=255) cccTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGa > 1:3248057/1‑149 (MQ=255) ccTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGAc < 2:918971/149‑1 (MQ=255) ccTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGAc < 2:3293125/149‑1 (MQ=255) ttATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGTAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGc < 1:3669134/148‑1 (MQ=255) gTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGc > 2:2112155/1‑149 (MQ=255) aCGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTTGACGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTcc > 1:2782866/1‑149 (MQ=255) tGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGcc < 2:2127789/149‑1 (MQ=255) tGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGcc < 2:4006250/149‑1 (MQ=255) ggTACAGCATTAAGATTTTTTTCCAGAACCGTTTTAAGATGTGGGGGAACATTTCCGTCTGGCTTAGGGTGTGGTGATGGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACGTGGTGGGCTTAAAAATGCAATCGACTGGCTTTCCCGCCTGc < 2:1873982/148‑1 (MQ=255) tACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGAAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCg > 2:1027879/1‑149 (MQ=255) cagcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGACTATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGa > 2:3250252/1‑149 (MQ=255) cagcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGa < 2:2217533/149‑1 (MQ=255) agcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGAt > 2:509368/1‑149 (MQ=255) agcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGAt < 1:3355441/149‑1 (MQ=255) gcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATc > 1:156140/1‑149 (MQ=255) gcagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATc > 2:269890/1‑149 (MQ=255) cagGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCGGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCa < 2:2804533/149‑1 (MQ=255) agGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCaa > 2:3180753/1‑149 (MQ=255) ggAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAAc < 2:557170/149‑1 (MQ=255) gaagaaGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAAcc > 2:72340/1‑149 (MQ=255) gaagGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCt > 2:3757422/1‑149 (MQ=255) 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atatAACTACTCGGTACAGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGcc > 2:3112620/1‑149 (MQ=255) ataACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAg > 2:1258965/1‑149 (MQ=255) actactCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCCTCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGAtt < 1:2097801/149‑1 (MQ=255) actactCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGAtt > 1:1725895/1‑149 (MQ=255) actactCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGAtt < 1:2961823/149‑1 (MQ=255) 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gTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGtttt > 1:762588/1‑149 (MQ=255) ccGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCt < 2:2884854/149‑1 (MQ=255) | GCGTTACCATCCATTGCCGACATTCCCTTGTATGACGCTGACGTACAGCAGGAAGAAGGTTTTCCAGCAACGGTTGAAGCTCTGGCGGAACAGATCCGTCAGGCTGACGGTGTGGTGATCGTCACGCCGGAATATAACTACTCGGTACCGGGTGGGCTGAAAAATGCCATCGACTGGCTTTCCCGCCTGCCGGATCAACCGCTGGCCGGTAAACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTC > CP009273/3888126‑3888422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |