| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 327,598 | T→C | 8.5% | intergenic (+391/‑484) | betT → / → yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 327,598 | 0 | T | C | 8.5% | 843.1 / 56.3 | 269 | intergenic (+391/‑484) | betT/yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (149/97); new base C (10/13); total (159/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |