Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,045,302 | G→T | 100% | intergenic (+86/‑103) | yihI → / → hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,045,302 | 0 | G | T | 97.3% | 755.4 / 8.3 | 240 | intergenic (+86/‑103) | yihI/hemN | activator of Der GTPase/coproporphyrinogen III oxidase, SAM and NAD(P)H dependent, oxygen‑independent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/3); new base T (120/113); total (124/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CGAAGAAGAGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCGGTACGCCGTAGCCGCCAGAGACGCCATCGGAAGGAGTGAGCATGTCTGTACAGCAAATCGACTGGGATCTGGCCCTGATCCAGA > CP009273/4045156‑4045447 | gaagaGGAAGAAGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTc < 2:3575518/149‑1 (MQ=255) gaagaaGACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCgcggcg > 2:47350/1‑149 (MQ=255) aagaagACGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGa > 1:2520887/1‑149 (MQ=255) gaagaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACa > 1:3812158/1‑149 (MQ=255) aagaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaa > 2:4079487/1‑149 (MQ=255) gaCGAGAAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACaaaa > 2:1587304/1‑149 (MQ=255) agaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg > 1:2413696/1‑149 (MQ=255) agaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTgg > 2:785431/1‑149 (MQ=255) gaAGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGc < 1:2622100/149‑1 (MQ=255) aaGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCt < 1:1401815/149‑1 (MQ=255) aaGCAAGAAGACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCGGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCt < 2:1780979/149‑1 (MQ=255) aagaagACATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTgcgc > 2:909910/1‑149 (MQ=255) agaagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCa < 1:3383712/149‑1 (MQ=255) gaagaCATGATGCGTCTTCTGCGGGGCAACTAACGGATTTCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCATTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACATCTGTTGTCTCGGCGACAAAAGTGGATGCGCaa > 2:1935179/1‑149 (MQ=255) gaagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCaa > 2:274966/1‑149 (MQ=255) aagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAAc < 1:1331286/149‑1 (MQ=255) aagaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAAc < 1:1330970/149‑1 (MQ=255) agaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAAcc > 1:523583/1‑149 (MQ=255) agaCATGATGCGTCTGCTGCGGGGCAACTAACGGAGTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAAcc < 2:2780219/149‑1 (MQ=255) 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gggCAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGc < 2:517767/149‑1 (MQ=255) cAACTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATc < 2:600689/149‑1 (MQ=255) aaCTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATcc > 1:3067537/1‑149 (MQ=255) aaCTAACGGATTGCCGCCGTGGGCCGTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTAGAGGGTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGAGGCTGCGCACCCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATcc > 1:1010754/1‑149 (MQ=255) aCGGATTGCCGCCGTGGGCCTTCCCGTTCTGCTGATAACCCTTCCGGTTATATGTTATCTGGTGTGGTTATTCGTTAAACTACAGCTGTTGTCGCGGCGACAAAAGTGGCTGCGCAACCGGCTGATGACCCGAAACGGGCATCCGCCgg < 2:3517480/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |