| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,248,129 | T→G | 38.1% | W154G (TGG→GGG) | dinF → | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,248,129 | 0 | T | G | 38.1% | 72.6 / inf | 248 | W154G (TGG→GGG) | dinF | oxidative stress resistance protein; putative MATE family efflux pump; UV and mitomycin C inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/69); new base G (45/49); total (130/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-03 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGTTAAGCGCACCGGCGTCGCTGGCGAATCTGGTATTACTCGGTTGGTTACTCGGCGTGCAATATGCCCGTGCGCCAGTAATTTTGTTAGTGGTCGGCAATATCCTCAACATTGTGCTGGATGTCTGGCTGGTGATGGGGCTGCATAT > CP009273/4247983‑4248277 | tACGCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCTGGt < 2:1889993/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTaa > 1:3259886/1‑149 (MQ=255) ggTGCAACCGTTGCTGTTGGCGTTGGGGGCTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGCGTACGCCGATTATCGATCTGGCGCTGCATATTGTTGGCGGTAGTGAGGCAGTCCTGGAACAGGCGCGGCGCTTTCTTGAAATCCGCGGGTTAAgcg > 1:3817800/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |