| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,272,059 | T→A | 41.3% | T315T (ACA→ACT) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,272,059 | 0 | T | A | 41.3% | 196.1 / 307.7 | 251 | T315T (ACA→ACT) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/91); new base A (48/56); total (104/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAAT > CP009273/4271913‑4272205 | aaaTTAACACGATATAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGt < 1:165567/149‑1 (MQ=255)aaaTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGt < 1:2241623/149‑1 (MQ=255) aaTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGtt > 1:2267077/1‑149 (MQ=255) aTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTa > 1:465844/1‑149 (MQ=255) aTTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTa > 2:1112042/1‑149 (MQ=255) ttAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTaa > 2:1337014/1‑149 (MQ=255) ttAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTaa < 1:3567112/149‑1 (MQ=255) cacGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACcgc < 2:924788/149‑1 (MQ=255) acGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGACAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACcgcg < 2:3745480/149‑1 (MQ=255) gATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTa < 2:2672948/149‑1 (MQ=255) gATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTa < 1:3687687/149‑1 (MQ=255) aTAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTaa > 2:2567119/1‑149 (MQ=255) gagaCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTaaaaa > 2:2543816/1‑149 (MQ=255) agaCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTaaaaaa > 1:2990093/1‑149 (MQ=255) gaCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAag > 1:351181/1‑149 (MQ=255) aCGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAaga < 1:1482835/149‑1 (MQ=255) tgATATTAAAGATACTGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTTAAATGGCAATTGCTGAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCAATATTAGAGTCGTTACATATAACCATTTCGATGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGt < 2:1283945/148‑1 (MQ=255) gATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGtt < 2:1675477/149‑1 (MQ=255) tAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTa < 1:630619/149‑1 (MQ=255) aaaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTAt < 1:4147/149‑1 (MQ=255) aaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATc > 1:341261/1‑149 (MQ=255) aaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATc > 1:2482333/1‑149 (MQ=255) aaCATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATc > 2:2454283/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCTAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAAtt < 2:160071/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTa < 2:789559/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTa < 1:856488/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTa < 2:2849272/149‑1 (MQ=255) cAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTaa < 2:4012966/149‑1 (MQ=255) cTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGttt > 2:872741/1‑149 (MQ=255) ttttGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTta < 2:3594594/149‑1 (MQ=255) ttttGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTta < 2:1970345/149‑1 (MQ=255) ttttGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTta < 2:1547224/149‑1 (MQ=255) gTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATAtt < 2:2127718/149‑1 (MQ=255) gTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGCACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATAtt < 1:2896913/149‑1 (MQ=255) ttAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTc < 2:1654951/149‑1 (MQ=255) ttAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACACTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTc > 1:716647/1‑149 (MQ=255) tAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCt < 2:3489647/149‑1 (MQ=255) tAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCt < 2:1442301/149‑1 (MQ=255) aaaCAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTgg < 1:2116046/149‑1 (MQ=255) aaaCAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTgg < 1:3858604/149‑1 (MQ=255) aacagaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGa > 1:2020468/1‑149 (MQ=255) aacagaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGa > 2:2041613/1‑149 (MQ=255) gaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAGAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGt < 2:3145155/149‑1 (MQ=255) gaacagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGt > 2:2062886/1‑149 (MQ=255) cagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGc < 1:1289451/149‑1 (MQ=255) cagTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGc < 2:3273059/149‑1 (MQ=255) agTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCt > 2:2189785/1‑149 (MQ=255) gTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCtt < 2:1811356/149‑1 (MQ=255) gTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCtt < 1:2609137/149‑1 (MQ=255) aaaTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTAtt > 1:2658329/1‑149 (MQ=255) aaaTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTAtt < 2:1743922/149‑1 (MQ=255) aaaTGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTAtt < 2:2944545/149‑1 (MQ=255) gCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGt > 1:500828/1‑149 (MQ=255) aTTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGACCGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTGTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGa > 2:2419999/1‑149 (MQ=255) gCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGacac < 1:2840978/149‑1 (MQ=255) cTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACg > 2:1346335/1‑149 (MQ=255) ttAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACga > 1:1666102/1‑149 (MQ=255) ttAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACga > 2:1712709/1‑149 (MQ=255) aTTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACa < 2:467670/149‑1 (MQ=255) aTTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACa < 1:3357993/149‑1 (MQ=255) aTTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACa > 2:379068/1‑149 (MQ=255) ttGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAg < 2:11773/149‑1 (MQ=255) tGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGa < 1:1112042/149‑1 (MQ=255) ggCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGAt > 2:329652/1‑149 (MQ=255) ggCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGAt < 1:3158693/149‑1 (MQ=255) cATTATTAAAATTAACATGAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCa < 2:3698553/149‑1 (MQ=255) tattaAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCa < 2:3105033/149‑1 (MQ=255) taAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGt > 2:1650232/1‑149 (MQ=255) ttAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCaaa < 1:2454283/149‑1 (MQ=255) aTTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGttaa < 1:3313599/149‑1 (MQ=255) aGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGttaatta > 2:1247191/1‑149 (MQ=255) ccATATTAGAGTCGGTTCATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTaaa < 2:2331787/149‑1 (MQ=255) ccATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGCACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTaaa > 2:3657861/1‑149 (MQ=255) ccATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTaaa < 1:2758039/149‑1 (MQ=255) tatTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCa < 2:477781/149‑1 (MQ=255) agagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGtt < 2:1549278/149‑1 (MQ=255) gagTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGttt < 2:465844/149‑1 (MQ=255) agTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTa > 1:1403928/1‑149 (MQ=255) agTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTa < 2:391498/149‑1 (MQ=255) tCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTaga > 1:1833327/1‑149 (MQ=255) ggTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAgaga > 1:1570055/1‑149 (MQ=255) ggTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAgaga < 2:966288/149‑1 (MQ=255) gTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGaa > 1:914002/1‑149 (MQ=255) gTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGaa < 2:1862668/149‑1 (MQ=255) tACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAg > 2:2675010/1‑149 (MQ=255) cATATAACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTCTCAATTCAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTTTTCAGGTTTACAAGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAAACAAGTTTAGATAATCt > 2:3401063/1‑149 (MQ=255) tataACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTaa > 1:1780973/1‑149 (MQ=255) tataACCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTaa > 1:2190261/1‑149 (MQ=255) ataACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAg < 1:1036443/149‑1 (MQ=255) aaCCATTTCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGt < 1:3832735/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGctc < 2:668/149‑1 (MQ=255) ttCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGctc < 1:4077601/149‑1 (MQ=255) tCGAGGAACGTATTAGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGctct < 1:2567119/149‑1 (MQ=255) cGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTaaataaat < 1:2344226/149‑1 (MQ=255) gTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAAtt < 2:1375769/149‑1 (MQ=255) gTATTAGTTATCCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAAtt > 1:3197393/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTaa > 1:1884132/1‑149 (MQ=255) aTTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTaa > 1:2354624/1‑149 (MQ=255) tttGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAat > 2:749141/1‑149 (MQ=255) tttGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAat > 1:3537562/1‑149 (MQ=255) | AAATTAACACGATAGAGACGGATATTAAACATCCAGGCTTTTGTTAAAACAGAACAGTTGAAATGGCAATTGCTTAAATTGGCATTATTAAAATTAACATTAGCCATATTAGAGTCGGTACATATAACCATTTCGAGGAACGTATTTGTTAACCGCGTAAAAAAGAGTTTGCTATCAATTAAGTTTATATTCTGGAGGGTTGCTTTATTCAGGTTGACACGAGACAGATCAGCATGTTCAAAGTTAATTAAATCAAGTTTAGAGAAGCTAAGGTCGGCTCTAAATAAATTAAT > CP009273/4271913‑4272205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |