Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,427,647 | G→A | 100% | D42N (GAT→AAT) | ytfI → | uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,427,647 | 0 | G | A | 99.5% | 690.3 / ‑4.5 | 213 | D42N (GAT→AAT) | ytfI | uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (111/101); total (112/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
ACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCT > CP009273/4427501‑4427792 | aCCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAAt > 2:3976957/1‑149 (MQ=255) cAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTg > 2:3098554/1‑149 (MQ=255) aaataaaataAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAAATTgg > 1:1844990/1‑149 (MQ=255) 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tcatGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTc > 1:1084005/1‑149 (MQ=255) tgaaTTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTa < 2:1831273/146‑1 (MQ=255) tGCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTa < 1:791900/149‑1 (MQ=255) gCATTTAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTAt > 2:3091843/1‑149 (MQ=255) tAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt < 1:999162/149‑1 (MQ=255) tAAGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGtt > 2:1651459/1‑149 (MQ=255) aaGAACAAAAATTGGATTTCGAAGTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGTTAAGTTTCTTATCAGttt < 2:3677979/149‑1 (MQ=255) aGAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTc > 1:3071547/1‑149 (MQ=255) gAAAAAAAATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCa > 1:2072413/1‑149 (MQ=255) aaaaaaATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGc > 2:2030009/1‑149 (MQ=255) aaaaaaTTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGcc > 1:145822/1‑149 (MQ=255) aaaaATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCt < 1:114726/149‑1 (MQ=255) | ACCAAATAAAATAAGGTTGTCATATGTTACCCAGGATCAGACACAATAATTTTATTGGTGCGGTGGAGTTATTTGTAAAGTCTTCGTATACAAAAACACATTCAAACAATTTTTTTAACAACATCCATCATGCATTTAAGAAAAAAGATTGGATTTCGAATTATGATAGCCTGTTAACTTTGAGGGAGTTCTTTCGTTGCGCAACTCAGATTGATAAAAGTGGTTATCAGGTGCTTTCATCAAAAAATGAAACTGTTCACGCCATGGATAAGTTTCTTATCAGTTTCAGCCT > CP009273/4427501‑4427792 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |