Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,456,233 | G→T | 100% | I277I (ATC→ATA) | treR ← | trehalose 6‑phosphate‑inducible trehalose regulon transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,456,233 | 0 | G | T | 98.3% | 763.8 / 3.4 | 243 | I277I (ATC→ATA) | treR | trehalose 6‑phosphate‑inducible trehalose regulon transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base T (92/146); total (93/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AAGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACGATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGTATTTACTTGCGCCAAGTGCCAGCGTGTCGGTTGCGCACAGTAAGGCGGTAGTTTCAGGCGTAA > CP009273/4456087‑4456378 | aaGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAt > 1:1621623/1‑149 (MQ=255) aGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtc > 1:3698781/1‑149 (MQ=255) aGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtc < 1:2593079/149‑1 (MQ=255) aGATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtc < 1:1680210/149‑1 (MQ=255) gATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtct > 2:1975653/1‑149 (MQ=255) gATCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTAtct > 1:3821816/1‑149 (MQ=255) tCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTcc < 2:3288724/149‑1 (MQ=255) tCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTcc < 2:1126894/149‑1 (MQ=255) tCACAATTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTcc < 2:1236855/149‑1 (MQ=255) aaTTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGAt < 2:420459/149‑1 (MQ=255) aaTTTATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGAt < 2:1722588/149‑1 (MQ=255) tttATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGTCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATgg > 1:1384990/1‑149 (MQ=255) ttATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGGTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATgga < 2:1525104/149‑1 (MQ=255) gtATCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATgga < 2:376800/148‑1 (MQ=255) aTCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTCCTATCTCCGGATggagg > 2:2831915/1‑149 (MQ=255) aTCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATggagg < 1:3293728/149‑1 (MQ=255) aTCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACGATCTCCGGATggagg > 1:1273185/1‑149 (MQ=255) tCGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATggagga > 2:1839964/1‑149 (MQ=255) cGTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGaa < 1:1002411/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAAt < 1:1408515/149‑1 (MQ=255) ttCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAAtt > 2:2057729/1‑149 (MQ=255) tCAGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGAGGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAAttt > 1:3411873/1‑149 (MQ=255) aGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCa < 1:3131031/149‑1 (MQ=255) aGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCa < 2:2635039/149‑1 (MQ=255) aGGAAACGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGGTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCa < 1:1076552/149‑1 (MQ=255) aaaCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTa < 1:142684/149‑1 (MQ=255) aaaCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTa < 1:142616/149‑1 (MQ=255) aaaCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTa > 2:742019/1‑149 (MQ=255) aaCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTaa < 1:3779280/149‑1 (MQ=255) aaCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTaa > 1:1960433/1‑149 (MQ=255) aCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAAc < 1:2842653/149‑1 (MQ=255) aCGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATATACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAAc < 1:2414367/149‑1 (MQ=255) cGATCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTGACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACg < 1:2063473/149‑1 (MQ=255) aTCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGc < 2:2174320/149‑1 (MQ=255) tCAGGACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCg > 1:515126/1‑149 (MQ=255) ggACAGGGTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTAt < 1:3921262/149‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCg < 2:3048140/149‑1 (MQ=255) gCGGGGATGATGATTTGTTGCGGTTCGGTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTAATTAACGGCGTATTACCGACGCt < 1:3455328/149‑1 (MQ=255) gggATGATGATTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGc > 1:2563999/1‑149 (MQ=255) atTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCaa > 1:3058763/1‑149 (MQ=255) atTTGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCaa < 1:451026/149‑1 (MQ=255) tttGTTGCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAg > 1:3735407/1‑149 (MQ=255) tgttgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGgt < 1:1526496/149‑1 (MQ=255) tgCGGTTCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTc < 1:2328821/149‑1 (MQ=255) cGGTTCGCTGCGCCCGGGTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAAGTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGa < 2:2939399/149‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGc > 2:1464372/1‑149 (MQ=255) cGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGt < 1:2012004/149‑1 (MQ=255) cGCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGt < 2:3821816/149‑1 (MQ=255) gCTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGtt < 2:327242/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTg > 1:1598453/1‑149 (MQ=255) gcCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGctct < 1:398573/149‑1 (MQ=255) gcCCGGTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGctct > 2:2672981/1‑149 (MQ=255) cGGGTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGc < 1:923636/149‑1 (MQ=255) gTTACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAg < 1:725064/149‑1 (MQ=255) tACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGt < 1:2939657/149‑1 (MQ=255) tACCTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGt < 2:2912083/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGTAt < 2:2871734/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCGATCAACTGGCAAGCCGCCTGGCGTCCAGCTTCGGCGTAACCGGGATCTACGGTTACTATCTCCGGATGGAGGAATTTCATTAACGGCGTATTACCGACGCTCGCCAGTTGCAAGGTGTCGATGCGTTGCTCTTGCAGGTAt < 1:786564/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |