Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,494,721 | G→A | 100% | A283T (GCC→ACC) | yjhB → | putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,494,721 | 0 | G | A | 97.5% | 889.3 / 7.7 | 281 | A283T (GCC→ACC) | yjhB | putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/4); new base A (125/147); total (129/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTCTTATAGGATTATGTCTCTTTGGATTAATGTTTACAAATTTAGGTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTAT > CP009273/4494575‑4494866 | cGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAAcc < 1:1221937/149‑1 (MQ=255) aTACACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCtt < 1:1974510/149‑1 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCtt > 1:1941256/1‑149 (MQ=255) aTAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCtt > 2:3326396/1‑149 (MQ=255) tAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCttt > 2:3832634/1‑149 (MQ=255) aaCGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGt < 1:2337058/149‑1 (MQ=255) ggACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGt > 2:3601284/1‑149 (MQ=255) ggACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAACCTTTGTAGt < 2:3517646/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |