| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,520,173 | T→G | 6.1% | N60H (AAC→CAC) | sgcB ← | putative enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,520,173 | 0 | T | G | 6.1% | 780.6 / 38.2 | 271 | N60H (AAC→CAC) | sgcB | putative enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/139); new base G (9/8); total (124/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
AACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGACATGCCG > CP009273/4520025‑4520321 | aaCGGTACCGCCGAGAGTCAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGtt < 2:2812618/149‑1 (MQ=255)aaCGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAAGGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGtt < 1:3547535/149‑1 (MQ=255) aCGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGCCTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTg < 2:532396/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |