| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,541,306 | C→T | 9.4% | intergenic (‑193/‑147) | gntP ← / → uxuA | fructuronate transporter/mannonate hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,541,306 | 0 | C | T | 9.4% | 715.6 / 46.5 | 224 | intergenic (‑193/‑147) | gntP/uxuA | fructuronate transporter/mannonate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/90); new base T (13/8); total (125/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTCATCCGGATACCTAAACAACTCCAGGGTTCCGCGTCTCTTTGCTGTGGAACCCACTATGTGAAAGAGGAAAAATCAT > CP009273/4541159‑4541454 | tgttatgaCAACTGCTCACCCCATCTTGCGATGACTGTCACATCCACTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACa < 2:3995271/149‑1 (MQ=255) tatgtAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCCTCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGATATGt < 1:1228425/149‑1 (MQ=255) atgtAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTc < 2:3747435/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |