Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,584,775 | C→A | 100% | E298D (GAG→GAT) | yjjM ← | yjjMN operon transcriptional activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,775 | 0 | C | A | 98.2% | 706.5 / 2.9 | 222 | E298D (GAG→GAT) | yjjM | yjjMN operon transcriptional activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base A (109/109); total (110/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTAATGAGCATAACGCGTGTTCTCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAGGGTGGCATCAAGGTCACTGCGGCAAATCAGAGCGCTGAGAATGGTCATATGCTCATCGACGGCAATGATATTGCGCTGTTTAAGAT > CP009273/4584629‑4584920 | ttACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTtatc < 1:700654/149‑1 (MQ=255) ttACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTtatc < 1:2762818/149‑1 (MQ=255) ttACTACCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACGGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTtatc < 2:2171869/149‑1 (MQ=255) actacCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCAt > 2:1262953/1‑149 (MQ=255) ctacCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCAtt < 2:2374289/149‑1 (MQ=255) ctacCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTGTATGAGCATAACGCGTGTTATCAtt > 1:1849110/1‑149 (MQ=255) acCGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTaa < 1:476764/149‑1 (MQ=255) cGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATg > 1:1756391/1‑149 (MQ=255) cGCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATg > 1:141603/1‑149 (MQ=255) gCTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATgg < 2:82041/149‑1 (MQ=255) cTCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGa < 2:1857986/149‑1 (MQ=255) tCACAAAAACATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGAt > 1:3989811/1‑149 (MQ=255) aaaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAAt < 2:3477514/149‑1 (MQ=255) aaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATc < 1:2633454/149‑1 (MQ=255) aaaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATc > 2:2887145/1‑149 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCa > 1:1878673/1‑149 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCa > 1:252056/1‑149 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCa > 1:244732/1‑149 (MQ=255) aaCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCa > 1:1208609/1‑149 (MQ=255) aCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCat > 1:3995464/1‑149 (MQ=255) aCATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCat > 2:4074667/1‑149 (MQ=255) cATTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCatt < 1:2902195/149‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAGAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattg < 2:3724981/149‑1 (MQ=255) tttAGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCattgatt < 1:1456033/149‑1 (MQ=255) aGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGtt < 2:1048039/149‑1 (MQ=255) aGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGtt > 1:1337242/1‑149 (MQ=255) aGTCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGtt > 1:1820782/1‑149 (MQ=255) tCGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTa < 2:1782511/149‑1 (MQ=255) cGACTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAg > 2:2625244/1‑149 (MQ=255) cTGATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTg < 1:3557988/149‑1 (MQ=255) gATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGaa > 2:2363348/1‑149 (MQ=255) gATTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGaa > 2:724043/1‑149 (MQ=255) aTTGTGAGCATAGGTAAGCGGGAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAAt < 1:588750/149‑1 (MQ=255) 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gAATTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCaa > 1:1057138/1‑149 (MQ=255) aaTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAg > 2:3767266/1‑149 (MQ=255) aaTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAg > 2:107028/1‑149 (MQ=255) aTTTCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAgg < 1:3736763/149‑1 (MQ=255) tttCCCGGTATTTATCTTTTGATAAAACCGTGCACCCGCTAATAGTTTGCTGTTTTTAATCCGTACTTTATGAGCATAACGCGTGTTATCATTAATGGATCGAATCATTGATTGTTTAGCTGAATTCAAATGGTTACGGAGCGCAAggg > 2:2833872/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |