Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 372,581 | G→T | 100% | A118A (GCG→GCT) | yaiL → | DUF2058 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 372,581 | 0 | G | T | 97.8% | 718.7 / 5.9 | 225 | A118A (GCG→GCT) | yaiL | DUF2058 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base T (113/106); total (116/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AAAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGACC > CP009273/372435‑372726 | aaaGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTAt > 2:57670/1‑149 (MQ=255) gCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGc < 1:859191/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGAAGCAGCTTAGTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATTGTCGTCTGGCTATTGccc > 1:3920988/1‑149 (MQ=255) tGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCttg < 1:567098/149‑1 (MQ=255) gAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCttgt > 2:614466/1‑149 (MQ=255) agcagcTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCttgttg > 2:1339012/1‑149 (MQ=255) gcagcTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTgg < 1:2186717/149‑1 (MQ=255) cagcTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGt < 2:1602948/149‑1 (MQ=255) gcTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCg > 1:3567815/1‑149 (MQ=255) gcTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCg > 1:1520127/1‑149 (MQ=255) ttATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGAt < 2:1456035/149‑1 (MQ=255) tATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATa < 1:328351/149‑1 (MQ=255) tATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATa < 2:1029366/149‑1 (MQ=255) tATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATa > 2:1188923/1‑149 (MQ=255) 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aaaTGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAAt < 1:1043863/149‑1 (MQ=255) aaaTGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAAt < 1:1393840/149‑1 (MQ=255) aTGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAg < 1:1252630/149‑1 (MQ=255) gAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCg < 2:1496463/149‑1 (MQ=255) aCCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGaa > 2:2173478/1‑149 (MQ=255) 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aCCATTGCCTATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATa < 2:1035494/149‑1 (MQ=255) cATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACg > 1:466028/1‑149 (MQ=255) tGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCa < 1:4092063/149‑1 (MQ=255) tGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCa < 1:4090992/149‑1 (MQ=255) gCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCat > 1:3105688/1‑149 (MQ=255) 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tAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGcaca > 2:3743989/1‑149 (MQ=255) cacacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc < 1:1159029/149‑1 (MQ=255) cacacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc < 1:914434/149‑1 (MQ=255) cacacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAgcgcgc < 1:2515120/149‑1 (MQ=255) cacaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTc < 1:736592/149‑1 (MQ=255) acaGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCa > 2:3198409/1‑149 (MQ=255) aGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAgc > 1:2704949/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAgcgc > 2:3154050/1‑149 (MQ=255) gcAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAAGAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCg < 2:2658099/149‑1 (MQ=255) ttGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAaga > 2:732672/1‑149 (MQ=255) ttGATTAATGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAaga > 2:2020310/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGa > 1:3830142/1‑149 (MQ=255) aaTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGa < 1:1804845/149‑1 (MQ=255) aTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTCTAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGAt > 1:2571148/1‑149 (MQ=255) aTGGTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGAt > 1:260328/1‑149 (MQ=255) ggTCGTCTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGa > 1:528827/1‑149 (MQ=255) cgtcTGGCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAga < 2:1104351/149‑1 (MQ=255) cgtcTGGCTAGTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAga < 2:2851864/149‑1 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGAcc > 2:512073/1‑149 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGAcc < 2:2142209/149‑1 (MQ=255) ggCTATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGAcc < 2:64534/149‑1 (MQ=255) | AAAGCTCAGGTGAAGCAGCTTATTGAAATGAACCGAATCACCATTGCCAATGGCGATATTGGTTTTAACTTCACTGACGGCAATCTGATTAAGAAGATTTTTGTCGATAAGCTCACACAGGCGCAGTTGATTAATGGTCGTCTGGCGATTGCCCGCTTGTTGGTCGATAACAATAGCGAAGGTGAATACGCCATTATTCCCGCCAGCGTTGCCGATAAAATTGCTCAGCGCGATGCCAGCAGTATAGTGTTGCACAGCGCGCTCAGCGCCGAAGAGCAGGATGAAGACGACC > CP009273/372435‑372726 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |