Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 397,959 | G→A | 100% | A253T (GCG→ACG) | phoA → | bacterial alkaline phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 397,959 | 0 | G | A | 98.3% | 786.1 / 2.3 | 239 | A253T (GCG→ACG) | phoA | bacterial alkaline phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (129/106); total (131/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
TGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATAT > CP009273/397816‑398104 | ggAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTg > 1:3742386/1‑149 (MQ=255) gAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTgg < 1:1387213/149‑1 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGtt > 2:1682287/1‑149 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGtt < 2:313563/149‑1 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGtt > 2:201478/1‑149 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGtt < 2:325786/149‑1 (MQ=255) aaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGtt < 2:3418421/149‑1 (MQ=255) aGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGACAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATc > 2:3023568/1‑149 (MQ=255) aGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATc > 2:1128174/1‑149 (MQ=255) aGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATc < 2:3961910/149‑1 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCa > 2:1623989/1‑149 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCa < 2:399024/149‑1 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGtt > 1:2786994/1‑149 (MQ=255) gAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTg > 1:879248/1‑149 (MQ=255) 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aTCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCg > 2:1474200/1‑149 (MQ=255) aTCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCg > 2:449622/1‑149 (MQ=255) aTCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCg > 1:3529763/1‑149 (MQ=255) aTTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAtgc > 1:2123795/1‑149 (MQ=255) aTTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAtgc < 1:2264566/149‑1 (MQ=255) aTTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAtgc > 2:2127880/1‑149 (MQ=255) cGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCt > 2:1943826/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCa < 1:1048637/149‑1 (MQ=255) aaCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCa > 1:907604/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCa > 1:235349/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCa > 2:3055857/1‑149 (MQ=255) aCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCAc > 1:2192332/1‑149 (MQ=255) aCAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCAc > 1:3787671/1‑149 (MQ=255) aGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTg < 1:242438/149‑1 (MQ=255) gctgctTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCCACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGa > 2:1706803/1‑149 (MQ=255) 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tGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCt > 1:817396/1‑149 (MQ=255) cAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAAGTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAgg < 2:376790/149‑1 (MQ=255) aGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGa > 2:2975580/1‑149 (MQ=255) gggAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGAc > 1:552222/1‑149 (MQ=255) gggAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGAc < 1:1228473/149‑1 (MQ=255) 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cTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAAc > 1:2093002/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAAc > 1:12880/1‑149 (MQ=255) gTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTAc < 1:427039/149‑1 (MQ=255) gTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTAc < 1:1609652/149‑1 (MQ=255) gAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCa > 2:130827/1‑149 (MQ=255) 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cagacGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAatat > 2:3336132/1‑149 (MQ=255) | TGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATAT > CP009273/397816‑398104 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |