Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 433,551 | G→T | 100% | S14Y (TCC→TAC) | yajO ← | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 433,551 | 0 | G | T | 100.0% | 858.2 / NA | 255 | S14Y (TCC→TAC) | yajO | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (138/117); total (138/117) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGGAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGTT > CP009273/433406‑433696 | gAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAc > 2:1146755/1‑149 (MQ=255) aaTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcg > 2:2065182/1‑149 (MQ=255) aTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcgc < 2:2260071/149‑1 (MQ=255) aTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcgc < 2:2218479/149‑1 (MQ=255) aTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcgc < 2:3225481/149‑1 (MQ=255) aTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcgc > 1:1522754/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGa > 1:624863/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGa > 1:1903810/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGa < 2:1300679/149‑1 (MQ=255) aCTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGaa > 2:1114899/1‑149 (MQ=255) aCTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGaa > 1:1415869/1‑149 (MQ=255) gTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGt < 1:3902944/149‑1 (MQ=255) gTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGt < 1:3415827/149‑1 (MQ=255) ttGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTc > 1:2430875/1‑149 (MQ=255) 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aTTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGt > 1:2385087/1‑149 (MQ=255) tttATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGtt < 1:1727131/149‑1 (MQ=255) tATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGt < 1:4089492/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACAGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTAt < 2:212900/149‑1 (MQ=255) gccgccTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTAtt < 2:1760728/149‑1 (MQ=255) 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aTTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCtata > 1:3333499/1‑149 (MQ=255) ttATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATAc < 1:2349575/149‑1 (MQ=255) ttATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATAc < 2:3816410/149‑1 (MQ=255) gggACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGt < 1:3956893/149‑1 (MQ=255) ggACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTc > 1:166650/1‑149 (MQ=255) 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cGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCACAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGtt < 2:3048455/149‑1 (MQ=255) | AGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGGAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGTT > CP009273/433406‑433696 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |