Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 580,366 | G→T | 100% | R242S (CGC→AGC) | ompT ← | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 580,366 | 0 | G | T | 96.4% | 683.3 / 13.9 | 222 | R242S (CGC→AGC) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/4); new base T (112/102); total (116/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ATTATTGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTGT > CP009273/580220‑580511 | tattGTGATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATaa < 2:3964075/149‑1 (MQ=255) tgtgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTg > 2:2841298/1‑149 (MQ=255) gtgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGa > 2:315019/1‑149 (MQ=255) tgATCATAAAGTGAAGTATTACCTTTTTTATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCTATAAGTGAt 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |