Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 625,174 | G→T | 100% | intergenic (+5/‑176) | entH → / → cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 625,174 | 0 | G | T | 98.0% | 690.6 / 3.4 | 234 | intergenic (+5/‑176) | entH/cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base T (85/137); total (96/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACA > CP009273/625029‑625319 | ccGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACa > 2:2196798/1‑149 (MQ=255) cGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg < 1:1214650/149‑1 (MQ=255) cGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg > 2:3206427/1‑149 (MQ=255) gtggtaaaGGTACGCGGCGTCTGCCTGCGGCTGAATCTTGGTCGGAAAAATATTTGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 1:967591/144‑1 (MQ=255) gAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 1:1969314/149‑1 (MQ=255) gAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 1:3045120/149‑1 (MQ=255) gAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTCGGGATGAACCCTACAGAATTAGAt < 1:1855332/149‑1 (MQ=255) gggAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATga < 2:1727444/149‑1 (MQ=255) gggAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATga < 1:4019017/149‑1 (MQ=255) gggAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATga > 1:3427870/1‑149 (MQ=255) ggAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATgag < 2:904025/149‑1 (MQ=255) aaaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGAt < 2:1278449/149‑1 (MQ=255) aaaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGAt < 1:3357618/149‑1 (MQ=255) aaaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTAGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTTGGATGAAACCTACAGAAATAGATGAGAt > 1:1569407/1‑149 (MQ=255) aaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGAtt < 2:3528020/149‑1 (MQ=255) aaGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGAtt < 2:3846494/149‑1 (MQ=255) tACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAg < 1:381357/149‑1 (MQ=255) gcggcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGaa < 1:92104/149‑1 (MQ=255) ggcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGaaaa < 1:1789990/149‑1 (MQ=255) gcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAAc > 2:1503493/1‑149 (MQ=255) gcgTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTAGATTAACAGGGGCGGCGTTGCTTCACTTGTGGGCTGGGGTCGGCAGTTTTTGGATTAAACCGACAGAATTATATGAGATTTGAGGaaaaa > 1:398633/1‑148 (MQ=255) tCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTGTTAGATGAACAGGGGCGGCGGTGCTGCCCGTTTCGGCGGGGTACGGCCGTTTTTGGGTGAAACCAACAGAATTATATGAGATTGCAGGaaaaaaag > 1:1743417/1‑145 (MQ=255) gCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGtt > 1:3761362/1‑149 (MQ=255) gCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGtt > 1:2564407/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTa < 1:1665021/149‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTaa > 2:2899222/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACg > 1:1290636/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACg < 1:3412036/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTAAGGCAGTTTTGGGATTTACCCAACCGAATTAGATGAGATTGGAGGAAAACTCGGTTAACg > 1:1502495/1‑149 (MQ=255) cGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGa < 2:1307876/149‑1 (MQ=255) gCTGCATCTTGGTCGACAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAg < 1:60484/149‑1 (MQ=255) tGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTg > 2:50199/1‑149 (MQ=255) tGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTAGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTAGGCTGGGTACGGCAGTTTTTGGATGTACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAAATCGGTTAAAGGAGTg > 1:3943748/1‑149 (MQ=255) aTCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATc > 2:2291995/1‑149 (MQ=255) 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aaTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgtt < 1:3282124/149‑1 (MQ=255) aaTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCGGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAAACCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgtt > 2:3684389/1‑149 (MQ=255) aTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGTTGGGTACGGCAGTTTTTGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAAAATTgtta > 1:2314421/1‑149 (MQ=255) aTCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACGTGTCGGTTGGGTACGGCAGTTTTTGGATGAACCCAACACAATTATATGAGATTTCAGGTAAACTCGGTTAAAGGAGTGATAGAGTTAAAATTgtta > 1:430570/1‑149 (MQ=255) agagCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaagt < 2:1138959/149‑1 (MQ=255) agagCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaagt > 2:2393661/1‑149 (MQ=255) gagCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaagtt < 1:1487548/149‑1 (MQ=255) gagCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTgttaagtt < 2:2985617/149‑1 (MQ=255) tGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAat < 2:146730/149‑1 (MQ=255) ggAAATCGTCGTTTTCGATGAACTGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAatat < 2:3390241/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |