Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 634,078 | 0 | T | A | 17.4% | 607.8 / 111.0 | 235 | intergenic (‑49/‑323) | dsbG/ahpC | thiol:disulfide interchange protein, periplasmic/alkyl hydroperoxide reductase, C22 subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/65); new base A (23/18); total (152/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTCATAGGTAAGAGCTTAGATCAGGTGATTGCCCTTTGTTTATGAGGGTGTTGTAATCCATGTCGTTGTTGCATTTGTAAGGGCAACACCTCAGCCTGCAGGCAGGCACTGAAGATACCAAAGGGTAGTTCAGATTACACGG > CP009273/633932‑634226 | gTAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTAt > 1:3507379/1‑149 (MQ=255) tAATGCCCTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATc > 2:3852668/1‑149 (MQ=255) ccTGTTTTTCAATCGCTTTTACTGGAGCAGGAAGTTCCTCTGCGAAGGCGATTGCAGGAAGCAGAGCCAGTAAAAGTATCTTTTTTAACATTAATTTGTCCTTTTCAGTCAGTGCAAAAGTCGAGTAAAAGGCATAACCTATCACTGTc > 1:3651946/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |