| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 730,891 | G→T | 100% | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO → | pseudogene, Rhs family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 730,891 | 0 | G | T | 98.8% | 811.9 / 0.6 | 249 | pseudogene (1303/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (129/117); total (130/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAAC > CP009273/730747‑731036 | cAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTc > 1:3624973/1‑149 (MQ=255) aaTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTcc > 1:1137437/1‑149 (MQ=255) aTTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGACTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTccc < 2:576949/149‑1 (MQ=255) ttAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCa < 1:849557/149‑1 (MQ=255) tAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAg < 1:2842846/149‑1 (MQ=255) tAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAg < 1:743631/149‑1 (MQ=255) aaGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGt > 1:3598988/1‑149 (MQ=255) aGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCNTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTa > 1:2085155/1‑149 (MQ=255) aCTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATc > 1:3502537/1‑149 (MQ=255) aCTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATc < 1:3077256/149‑1 (MQ=255) cATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACNACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAggg < 1:2083202/149‑1 (MQ=255) tatCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggat > 2:3718906/1‑149 (MQ=255) atCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatg > 2:1501812/1‑149 (MQ=255) atCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatg > 1:1068779/1‑149 (MQ=255) tCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgg > 1:1746308/1‑149 (MQ=255) ccTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatgga < 2:2305772/149‑1 (MQ=255) cTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGggatggat > 1:2527403/1‑149 (MQ=255) tATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATa > 1:1010476/1‑149 (MQ=255) tATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATa < 2:94724/149‑1 (MQ=255) 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cAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCaa > 1:483121/1‑149 (MQ=255) gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGt < 2:3998808/149‑1 (MQ=255) gtagtGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGt > 1:3065724/1‑149 (MQ=255) gcgcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTa > 2:563467/1‑149 (MQ=255) gcgcCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTa < 2:2840914/149‑1 (MQ=255) tAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGc > 1:1862056/1‑149 (MQ=255) tAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGc > 1:3899453/1‑149 (MQ=255) aaTGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGcc > 1:1905795/1‑149 (MQ=255) aaTGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGcc > 1:1395167/1‑149 (MQ=255) ttttCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAg > 1:3180359/1‑149 (MQ=255) 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2:1570001/149‑1 (MQ=255) aTTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGc > 1:2161496/1‑149 (MQ=255) aTTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGc > 1:1780760/1‑149 (MQ=255) ttcttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGcc > 1:2215214/1‑149 (MQ=255) ttcAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaac < 1:1222569/149‑1 (MQ=255) cAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCcaacaa < 1:1407490/149‑1 (MQ=255) 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cccTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccac < 1:204390/149‑1 (MQ=255) ccTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccacc < 2:2161496/149‑1 (MQ=255) ccTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccacc < 2:1780760/149‑1 (MQ=255) ccTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTaccacc > 2:2384161/1‑149 (MQ=255) tACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAgg > 2:3178035/1‑149 (MQ=255) 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cTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAtata < 2:3599539/149‑1 (MQ=255) cTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGAtata < 2:3598856/149‑1 (MQ=255) acacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtg < 1:1385511/149‑1 (MQ=255) acacTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTtg < 1:601498/149‑1 (MQ=255) tGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATTATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCa > 2:4079677/1‑149 (MQ=255) 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CAATTAAGACTGCCATATCCTATTGACCAGGCCAGTAGTGCGCCTAATGTTTTCAAAACATTCTTCAGAGCATTAAGCCCTTACGACTACACACTGTATTGCAGGAAGTGGGTAAAACCAAATCTGACTTGTACGCCACAGGATGATTCCCAGTATCCAGGGATGGATACAAAGACAGCAAGTGATTACCTGCCACAGACAAATTGGCCAACAACTCAATTACCACCAGGATATACTTGTGCAGAACCCTATTTATTCCCAGACATTAATAAACCCGATGGGCCAGCAAC > CP009273/730747‑731036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |