Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 835,462 | G→T | 5.8% | S509* (TCG→TAG) | fiu ← | catecholate siderophore receptor Fiu |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 835,462 | 0 | G | T | 5.8% | 967.7 / 20.9 | 258 | S509* (TCG→TAG) | fiu | catecholate siderophore receptor Fiu |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/115); new base T (11/4); total (139/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAA > CP009273/835316‑835610 | ggTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGAc < 1:3830416/149‑1 (MQ=255) gTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCTACt > 1:2248770/1‑149 (MQ=255) gTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACt < 2:3600148/149‑1 (MQ=255) ttGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACtt < 1:237158/149‑1 (MQ=255) ggCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTgg > 1:976842/1‑149 (MQ=255) gCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGc < 1:1294616/149‑1 (MQ=255) gCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGc < 2:628529/149‑1 (MQ=255) cACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCg > 2:2300795/1‑149 (MQ=255) gTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGgtgt > 2:3517978/1‑149 (MQ=255) gTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGgggt > 2:3518395/1‑149 (MQ=255) ttACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTc > 1:1423659/1‑149 (MQ=255) ttACCGCTGACAGAGTGCGCAAGGGCGATGTTGTTGGCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTATTATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTc < 1:2543595/149‑1 (MQ=255) tACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCg > 1:962524/1‑149 (MQ=255) cGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACg < 1:2996821/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATAGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCACGGCTTTCAAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACg > 2:931803/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACggt < 1:2175134/149‑1 (MQ=255) gCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACggtgg > 1:888350/1‑149 (MQ=255) aGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGa < 1:2617466/149‑1 (MQ=255) aGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGa > 2:279227/1‑149 (MQ=255) aGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGa < 2:3932239/149‑1 (MQ=255) aGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTAGGCGGTGTCGACGGTGGTGa > 2:1926150/1‑149 (MQ=255) gcgcAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGga < 1:1447870/149‑1 (MQ=255) cgcAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGgag < 2:3972623/149‑1 (MQ=255) 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gCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCttt > 1:3931209/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGc > 1:1376690/1‑149 (MQ=255) aGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGcc < 2:211030/149‑1 (MQ=255) gttgttGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCca > 1:3551410/1‑149 (MQ=255) gttgttGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCca > 2:1624510/1‑149 (MQ=255) 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aaTATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTgccgc < 2:1262708/149‑1 (MQ=255) atatAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTgccgcc > 1:644134/1‑149 (MQ=255) atatAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTgccgcc > 2:1106834/1‑149 (MQ=255) atatAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTgccgcc > 2:1658556/1‑149 (MQ=255) taGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCa > 2:463594/1‑149 (MQ=255) 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cccGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTc > 1:3793512/1‑149 (MQ=255) cccGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTc > 1:1752818/1‑149 (MQ=255) | GGTTGGCACTGTTACCGCTGCCAGACTGCGCAAGGGCGAAGTTGTTGCCGCCCGGAGGCTGCTGGGAAACGGCATAGTTAATATAGACATTGCCGTTTTCCGTCAGGTGATACAGCGCCCCGGCTTTCCAGTTCATCAGATTGCCCGACTTGGCGGTGTCGACGGTGGTGACCGGAGAACCTTTTGCCACACCAGTTGGGCAGGTGATGGCACCGCGTCCGCTGCCGCCGCAGGCGGTGGCACTGTCATATTCAGTATGATAATTATCCAGACGGATCCCGCCGTTCAGCTCAAA > CP009273/835316‑835610 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |