| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 868,500 | A→T | 100% | S22S (TCA→TCT) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 868,500 | 0 | A | T | 98.0% | 644.3 / 2.1 | 202 | S22S (TCA→TCT) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base T (100/98); total (102/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AATTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGTC‑TTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACT > CP009273/868354‑868645 | aaTTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCttt < 2:2586129/149‑1 (MQ=255)aaTTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCttt < 2:918432/149‑1 (MQ=255)aaTTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCttt < 2:2587638/149‑1 (MQ=255) aTTTGGTTAAAAAGCCGCAGCAAGGGACAATTTTTGCAGCGGCACAGCGTTCAGATAGTTATTTTGTTAAATGTATTAACATGCTGAGTTTATACGAAAAGATAAAGATAAGGCTGATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCtttt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |