| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,048,928 | C→A | 100% | E903* (GAA→TAA) | torS ← | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,048,928 | 0 | C | A | 99.6% | 905.6 / ‑4.4 | 269 | E903* (GAA→TAA) | torS | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (156/112); total (156/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCCGCCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTAT > CP009273/1048782‑1049072 | ccgccgCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACCATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACag < 1:150317/149‑1 (MQ=255) gccgcTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTTATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACagag > 1:3463104/1‑149 (MQ=255) gccgcTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACagag > 2:3955767/1‑149 (MQ=255) ccgcTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGc > 2:1620117/1‑149 (MQ=255) cgcTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCg > 2:2253530/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACATAGCGGc > 2:2540539/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAac < 1:1019597/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAac < 2:2577711/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAaca > 1:3355901/1‑149 (MQ=255) aGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAacac < 2:2099250/149‑1 (MQ=255) gggTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAAAACTGc > 2:3679614/1‑149 (MQ=255) gTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCgt < 1:3497246/149‑1 (MQ=255) gTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCgt > 2:328452/1‑149 (MQ=255) gTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCgt > 2:1174126/1‑149 (MQ=255) ttttATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTaa < 2:2613990/149‑1 (MQ=255) ttttATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTaa > 2:911243/1‑149 (MQ=255) ttATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAAtt < 1:4024673/149‑1 (MQ=255) aTTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATttc < 1:3839401/149‑1 (MQ=255) aTTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATttc > 1:1693260/1‑149 (MQ=255) 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aTGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTtgt > 1:130569/1‑149 (MQ=255) aTGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTAAAATCGCTTTCAGGTCTTTCTTATGCAACAATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTTTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGGtgg > 2:3677882/1‑148 (MQ=255) ccACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTgcg > 1:477820/1‑149 (MQ=255) aCTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCa > 2:547636/1‑149 (MQ=255) cTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCAt > 2:2179400/1‑149 (MQ=255) 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ccATGCTTACAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGAGGCACGCt > 1:3435600/1‑149 (MQ=255) | GCCGCCGCTGCCAGCGGGTTCTTTTATTCTCTGCCATGATTTTGCCAGTCCGTTAAGTTGTATACCAAATGCCACTATTCTAGTTGTTCTTAACTGGCTGATATTGATTCAAATCGCGTTCAGGTCTTTCTTATGCAACCATGCTTCCAGAGCGGCAACACTGCGTGTAATTTCTTCGTGTGGAAGGGGGGCAGATAATGGCTGCTGCTCCAGTTGTGCGCATAGCTGGCTGGCGATATGCATTCCCAGACTCGAGCAACTGCTTTTTAGCTGATGCGCGGCACGCTTTAT > CP009273/1048782‑1049072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |