Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,181,504 | G→T | 100% | D69Y (GAT→TAT) | pepT → | peptidase T |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,181,504 | 0 | G | T | 97.7% | 823.5 / 8.1 | 257 | D69Y (GAT→TAT) | pepT | peptidase T |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base T (101/150); total (105/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CAGGGGTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCGATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTGCGCTGGGTATCGGCGATGAAGTTTTATCACCGGTTATGTT > CP009273/1181358‑1181649 | cAGGGGTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTat < 2:3656824/149‑1 (MQ=255) aGGGGTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCtata > 1:3062540/1‑149 (MQ=255) aGGGGTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCtata > 2:3808772/1‑149 (MQ=255) gggTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATc < 1:3181163/149‑1 (MQ=255) ggTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATcc < 2:3827107/149‑1 (MQ=255) aCAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGa < 2:3464660/149‑1 (MQ=255) aCAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGa < 1:64315/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGAt < 2:1100750/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGAt < 2:3992714/149‑1 (MQ=255) aGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGAtt < 1:1359807/149‑1 (MQ=255) ggTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTg < 1:343177/149‑1 (MQ=255) ggTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTg < 2:3601131/149‑1 (MQ=255) ttCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGc > 2:2145278/1‑149 (MQ=255) cccAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCtt < 1:2240806/149‑1 (MQ=255) cccAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCtt < 1:1439537/149‑1 (MQ=255) aGCACTGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTAt < 2:2522436/149‑1 (MQ=255) gCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTAtt > 1:171407/1‑149 (MQ=255) cGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTtct < 2:2832099/149‑1 (MQ=255) gAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCa > 1:785608/1‑149 (MQ=255) ggCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCAtgt < 2:4023823/149‑1 (MQ=255) ggCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCAtgt < 2:4023380/149‑1 (MQ=255) aaTGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGAt > 2:2314708/1‑149 (MQ=255) aaTGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCGATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGAt > 1:254523/1‑149 (MQ=255) aTGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATa > 2:3597903/1‑149 (MQ=255) gAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCt > 2:2075383/1‑149 (MQ=255) aaGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTc < 1:229914/149‑1 (MQ=255) aaGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTc < 2:2099140/149‑1 (MQ=255) aaGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCGATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATCCCTc > 2:1878911/1‑149 (MQ=255) gTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCAc < 1:459485/149‑1 (MQ=255) ttAGTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCAcc < 2:1940537/149‑1 (MQ=255) aTTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTAATGTGGATACCTCACCgg > 2:526225/1‑149 (MQ=255) ttGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGa < 1:2302215/149‑1 (MQ=255) ttGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGa < 1:189353/149‑1 (MQ=255) ttGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGa < 1:1480371/149‑1 (MQ=255) tGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCGTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGAt < 2:1642600/149‑1 (MQ=255) tgctgAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGc > 2:2678672/1‑149 (MQ=255) tgctgAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGc < 2:1205960/149‑1 (MQ=255) gAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCa > 1:1140808/1‑149 (MQ=255) gAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCGATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCa > 1:3316608/1‑149 (MQ=255) aaGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCaaa < 2:2565609/149‑1 (MQ=255) gagCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCaaaaa > 2:4060624/1‑149 (MQ=255) gagCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCaaaaa < 1:1936705/149‑1 (MQ=255) gcagcTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAAtg > 2:637006/1‑149 (MQ=255) gcagcTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAAtg > 2:919200/1‑149 (MQ=255) cTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGaa < 1:3329141/149‑1 (MQ=255) tCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAAt > 2:1157961/1‑149 (MQ=255) tCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAAt < 2:1540315/149‑1 (MQ=255) cGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTTAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCCTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATc < 2:2687594/149‑1 (MQ=255) cGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATc < 2:3322886/149‑1 (MQ=255) aaGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCg > 1:839165/1‑149 (MQ=255) gaTGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCaaa > 2:2932630/1‑149 (MQ=255) tGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAAtt > 2:277769/1‑149 (MQ=255) gggCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAAttgt < 1:1965741/149‑1 (MQ=255) gggCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAAttgt < 1:1126371/149‑1 (MQ=255) ggCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAAttgtt < 2:1360110/149‑1 (MQ=255) cTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGa < 2:69126/149‑1 (MQ=255) ttATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGaa < 2:1986084/149‑1 (MQ=255) ttATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGaa > 1:3836250/1‑149 (MQ=255) tATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGaaa > 1:4097301/1‑149 (MQ=255) tCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAAc > 1:2095024/1‑149 (MQ=255) tCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAAc < 2:3669931/149‑1 (MQ=255) cAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTCATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACt > 2:3084815/1‑149 (MQ=255) aaTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGTCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTTTATCCCGTCGATTGGCTTTATTTCTCATGTTGATACCTCACCGGATTGCAGCTGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTa < 1:3654273/149‑1 (MQ=255) aaTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTa < 1:70717/149‑1 (MQ=255) aaTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTa < 2:2986178/149‑1 (MQ=255) aaTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTa < 1:1688293/149‑1 (MQ=255) aaTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTa < 1:4079031/149‑1 (MQ=255) aTGTGTCCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGTCGTTACCGTCTAAAGTCCCTGGCTATATCCCGGCGTTTGGCTTTTTTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCTGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTAt < 2:270141/149‑1 (MQ=255) aTGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTAt < 1:3808772/149‑1 (MQ=255) gACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATcgcg > 2:598250/1‑149 (MQ=255) gACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATcgcg > 2:1912084/1‑149 (MQ=255) nttAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCCAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTg > 1:3497718/2‑149 (MQ=255) cTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTGGAAAACTATCGCGGTg > 2:3866641/1‑149 (MQ=255) tAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGc < 2:3016103/149‑1 (MQ=255) aaGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTCTATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCg > 2:2190207/1‑149 (MQ=255) aGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGa < 1:2558065/149‑1 (MQ=255) gTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGat < 1:4044000/149‑1 (MQ=255) tGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGata > 2:3719263/1‑149 (MQ=255) gagaAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGatat < 1:3900688/149‑1 (MQ=255) agaAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATAtt < 1:2932631/149‑1 (MQ=255) aaGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTgc > 2:3067187/1‑149 (MQ=255) gggCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTgcgc < 1:3713781/149‑1 (MQ=255) cACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTGCGCTgg < 1:1250339/149‑1 (MQ=255) 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cccTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCCAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGGGATATTGCGCTGGGTATCGGCGATGAAGTTTTATCACCGGGTa > 1:1536142/1‑149 (MQ=255) cccTGGCTATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTGCGCTGGGTATCGGCGATGAAGTTTTATCACCGGTTa < 1:2678672/149‑1 (MQ=255) | CAGGGGTGAGACAGGTTCCCAGCACGGAAGGCCAATGGAAGTTATTGCATCTGCTGAAAGAGCAGCTCGAAGAGATGGGGCTTATCAATGTGACCTTAAGTGAGAAGGGCACTTTGATGGCGACGTTACCGGCTAACGTCCCTGGCGATATCCCGGCGATTGGCTTTATTTCTCATGTGGATACCTCACCGGATTGCAGCGGCAAAAATGTGAATCCGCAAATTGTTGAAAACTATCGCGGTGGCGATATTGCGCTGGGTATCGGCGATGAAGTTTTATCACCGGTTATGTT > CP009273/1181358‑1181649 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |