| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,209,662 | G→T | 37.2% | intergenic (‑147/+58) | bluR ← / ← bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,209,662 | 0 | G | T | 37.2% | 283.5 / 217.6 | 229 | intergenic (‑147/+58) | bluR/bluF | repressor of blue light‑responsive genes/anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/66); new base T (36/49); total (114/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ACAATTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAAACGTAACGTATTCATTTTCACGATGATTTACTGAAATCATGTGAAAGAATGTGCTGAAAATTATTTTTTCTCTGGCCACGCTATGGAAGGGATACCATTCAATTTAGCTTTAGCAAACAGATCTCCCTGAAACATCTCAATTCCTGCGGAT > CP009273/1209514‑1209810 | aaTTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacgta > 1:2944242/1‑149 (MQ=255) aTTCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaa > 2:1123359/1‑149 (MQ=255) ttCCTCCTTGCGGTCACAAATCTCCGTCGCCTGTACACGACCCAATAATACTTTGTACAATATACGCTAAAATTGTACAAAGTATAAATAAGATTTCAGCTAAATTGGATGAAACATTATTTTTAATGTGGATTAAATTTAaacttaac < 1:3187535/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |