| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 106,436 | C→A | 5.6% | I557I (ATC→ATA) | secA → | preprotein translocase subunit, ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 106,436 | 0 | C | A | 5.6% | 905.9 / 17.6 | 238 | I557I (ATC→ATA) | secA | preprotein translocase subunit, ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/107); new base A (4/10); total (121/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCATGA > CP009273/106288‑106584 | gTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATatcatc < 1:3262279/149‑1 (MQ=255) tCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCg < 1:959375/149‑1 (MQ=255) gTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGt < 1:1488977/149‑1 (MQ=255) 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tGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTAttttt < 1:3530120/149‑1 (MQ=255) gacgCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGCATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGc < 2:3753731/146‑1 (MQ=255) aaGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCt < 2:1619360/149‑1 (MQ=255) aaGCAGGTGGCCTGCATATCATAGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCt < 1:274783/149‑1 (MQ=255) gCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTc > 2:3297414/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTa > 2:391417/1‑136 (MQ=255) ggTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTccga > 2:2146763/1‑149 (MQ=255) tGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTccgacc < 1:332556/149‑1 (MQ=255) gCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATTGAAGATTCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGATTAt > 1:2020373/1‑149 (MQ=255) atatCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTGAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTTCTTCCGACCGAGTAtac > 1:2922898/1‑147 (MQ=255) catcGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCa < 1:1398782/149‑1 (MQ=255) tcGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCatg < 1:3446846/149‑1 (MQ=255) | GTCGTGGTACAGATATTGTGCTCGGTGGTAGCTGGCAGGCAGAAGTTGCCGCGCTGGAAAATCCGACCGCAGAGCAAATTGAAAAAATTAAAGCCGACTGGCAGGTACGTCACGATGCGGTACTGGAAGCAGGTGGCCTGCATATCATCGGTACCGAGCGTCACGAATCCCGTCGTATCGATAACCAGTTGCGCGGTCGTTCTGGTCGTCAGGGGGATGCTGGTTCTTCCCGTTTCTACCTGTCGATGGAAGATGCGCTGATGCGTATTTTTGCTTCCGACCGAGTATCCGGCATGA > CP009273/106288‑106584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |