| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,284,857 | G→T | 29.3% | D53Y (GAT→TAT) | rssA → | putative patatin‑like family phospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,284,857 | 0 | G | T | 29.3% | 450.3 / 160.6 | 231 | D53Y (GAT→TAT) | rssA | putative patatin‑like family phospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/83); new base T (34/34); total (114/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAAATAATGCCGGAAACAGAGA > CP009273/1284711‑1285004 | tAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGcgat > 2:1336410/1‑149 (MQ=255)tAAAAATAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGcgat > 2:390703/1‑149 (MQ=255) aTAGGGCTGGCGCTGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGAtt > 2:2182430/1‑149 (MQ=255) 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tGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGaa > 2:3523850/1‑149 (MQ=255) tGGGATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGaa < 2:824834/149‑1 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGa < 1:3184400/149‑1 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGa < 1:2323623/149‑1 (MQ=255) ggATCTGGCGCGGCGAGAGGTTGGTCGCATATTGGCGTTATTAATGCGCTAAAAAAAGTGGGTATTGAAATTGATATCGTTGCAGGATGTTCAATTGGTTCGCTGGTGGGCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGa < 1:2629878/149‑1 (MQ=255) 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ggtggGCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACcgcg > 1:1054616/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAaat < 1:729023/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAaat > 2:2858986/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCCTATGCATGCTATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAaata < 2:2785995/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCCTATGCATGCGATCGATTATCTGCGCTGGAAGATTGGGTGACCTCTTTCAGTTATTGGGATGTTTTACGCCTGATGGATCTCTCCTGGCAGCGCGGTGGGTTACTGCGCGGCGAGCGTGTCTTCAATCAATACCGCGAaata > 2:1967282/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |