Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,336,599 | T→C | 22.0% | L141P (CTT→CCT) | pyrF → | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,336,599 | 0 | T | C | 22.0% | 504.4 / 161.8 | 246 | L141P (CTT→CCT) | pyrF | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/98); new base C (21/33); total (115/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGC > CP009273/1336454‑1336747 | gtgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCa > 1:209015/1‑149 (MQ=255) tgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACGGGTGCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCACCAGGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCAt < 1:1741965/149‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGa > 1:2325250/1‑149 (MQ=255) gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGa > 1:1069052/1‑149 (MQ=255) gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGa < 1:2071462/149‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGac < 1:1331062/149‑1 (MQ=255) tGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGaca > 2:2764788/1‑149 (MQ=255) tGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTg > 1:2503207/1‑149 (MQ=255) 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ttCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATTACACTGTCAcca > 1:10377/1‑148 (MQ=255) ttCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCt < 2:3593807/149‑1 (MQ=255) tGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAg > 2:3727856/1‑149 (MQ=255) tGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAg > 1:3366937/1‑149 (MQ=255) ccTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGAt > 1:1506103/1‑149 (MQ=255) 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tggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAg < 1:1528873/149‑1 (MQ=255) tggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAg < 1:1207513/149‑1 (MQ=255) gggCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGaa < 2:2321710/149‑1 (MQ=255) gggCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGAGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGaa > 2:4022069/1‑149 (MQ=255) gatgaCCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTggcgg > 1:476509/1‑149 (MQ=255) atgaCCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTggcggc > 1:1117330/1‑149 (MQ=255) aGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGc < 1:3642552/149‑1 (MQ=255) cgcgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaa < 2:205681/149‑1 (MQ=255) cgcgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaa < 2:1903169/149‑1 (MQ=255) cgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaaaa < 2:2506441/149‑1 (MQ=255) 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cATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTc < 2:3905430/149‑1 (MQ=255) tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:401509/1‑149 (MQ=255) tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:214451/1‑149 (MQ=255) tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:903490/1‑149 (MQ=255) tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCGGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGGGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:2472857/1‑149 (MQ=255) aaGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAg < 2:720660/149‑1 (MQ=255) aaGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAg > 1:1341254/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGtt > 1:3237128/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGtt > 1:1185999/1‑149 (MQ=255) ccAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTc < 1:2098950/149‑1 (MQ=255) ccAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTc < 2:2503207/149‑1 (MQ=255) cAGCGACCTGGTCGATCGTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCa > 2:2050806/1‑149 (MQ=255) aGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaa < 1:2995135/149‑1 (MQ=255) aGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaa > 1:928494/1‑149 (MQ=255) cGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAAc < 2:1352360/149‑1 (MQ=255) gACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACt < 1:552963/149‑1 (MQ=255) aCCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTg > 2:1478366/1‑149 (MQ=255) tGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGtt > 2:2811348/1‑149 (MQ=255) ggTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTa < 2:1579488/149‑1 (MQ=255) ggTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTa < 1:1426637/149‑1 (MQ=255) tCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACg > 2:1956065/1‑149 (MQ=255) cGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGc < 1:25702/149‑1 (MQ=255) | GTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGC > CP009273/1336454‑1336747 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |