| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,466,293 | 0 | C | A | 36.1% | 342.4 / 222.9 | 238 | pseudogene (1520/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/67); new base A (39/47); total (124/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TAGTAGTGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAT > CP009273/1466146‑1466440 | tagtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 1:344624/149‑1 (MQ=255)tagtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 1:1657559/149‑1 (MQ=255) agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAg < 1:3506824/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |