Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,508,684 | G→T | 5.5% | M199I (ATG→ATT) | ydcU → | putative spermidine/putrescine transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,508,684 | 0 | G | T | 5.5% | 960.5 / 19.2 | 262 | M199I (ATG→ATT) | ydcU | putative spermidine/putrescine transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/119); new base T (7/8); total (135/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
ATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGCTCTATCTTTACCT > CP009273/1508536‑1508832 | aTGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATg > 1:2175805/1‑149 (MQ=255) tGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGa < 1:1380054/149‑1 (MQ=255) ggCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGAt < 2:4031312/149‑1 (MQ=255) ggCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGAt < 2:1575051/149‑1 (MQ=255) ggCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGc > 2:1009925/1‑149 (MQ=255) cAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGt > 1:2391245/1‑149 (MQ=255) aGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCTCTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGtt < 1:1052811/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGtt < 1:1052642/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGtt > 1:3257722/1‑149 (MQ=255) aGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGtt < 2:3920553/149‑1 (MQ=255) gTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTc > 2:3510789/1‑149 (MQ=255) gTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTc < 2:118512/149‑1 (MQ=255) tGGTTTTTACAAAATATTGGGATGGAAACACAGATGACTCCTATCCTTACATTACCTCAGGTGGGCGGAAATACTCTGTCAACATCAGTGCTGGGGCGCTGTCTGGTGATTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTACCCGGTCa > 2:3311480/1‑149 (MQ=255) caacaTCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCt < 1:3028530/149‑1 (MQ=255) acaTCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTg < 1:850615/149‑1 (MQ=255) caTCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGa > 2:3052574/1‑149 (MQ=255) tGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGtt < 1:2156163/149‑1 (MQ=255) tGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGtt < 1:22608/149‑1 (MQ=255) gggCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGttt > 2:217013/1‑149 (MQ=255) ggAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTgccgc > 1:1909662/1‑149 (MQ=255) ggAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTgccgc > 1:1692948/1‑149 (MQ=255) ggAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTgccgc > 2:2376684/1‑149 (MQ=255) gAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTgccgcc < 1:3819042/149‑1 (MQ=255) aCCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGt < 2:2175841/149‑1 (MQ=255) cACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCa < 1:2113086/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAt < 2:3418816/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAt < 1:409485/149‑1 (MQ=255) ctgctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAtt > 2:2142668/1‑149 (MQ=255) ctgctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAtt > 1:3994913/1‑149 (MQ=255) ctgctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAtt > 2:2595347/1‑149 (MQ=255) ctgctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAtt > 2:64559/1‑149 (MQ=255) gctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAttgt > 1:1293000/1‑149 (MQ=255) gctgACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAttgt < 2:2866068/149‑1 (MQ=255) 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ttACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGAtct < 2:2112839/149‑1 (MQ=255) tACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGAtctc < 1:4028576/149‑1 (MQ=255) aCCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTTCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGGCGGCTGATCTCg > 1:1575187/1‑149 (MQ=255) aCCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCAGTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCg > 1:3233834/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCgg < 2:1910392/149‑1 (MQ=255) 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tCTGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCt > 1:485022/1‑149 (MQ=255) tGGTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTgg < 2:1019986/149‑1 (MQ=255) ggTTGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGc < 2:326229/149‑1 (MQ=255) tGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGctct < 1:151221/149‑1 (MQ=255) tGCCGTTAATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGctct < 2:70992/149‑1 (MQ=255) 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gATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGCTCTATCTTTACCt < 2:1416789/149‑1 (MQ=255) gATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGCTCTATCTTTACCt > 2:1588097/1‑149 (MQ=255) | ATGGCGTGGCTCAGTGGTTTTTACAACATCTTGGGCTGGAACCACTGCTGACTGCGTTCCTTACATTACCTGCGGTGGGCGGAAATACGCTGTCAACTTCCGGGCTGGGGCGCTTTCTGGTGTTTCTCTATATCTGGTTGCCGTTCATGATCCTGCCCGTTCAGGCGGCGCTTGAGCGTTTGCCGCCGTCATTGTTGCAGGCGTCGGCTGATCTCGGCGCACGTCCACGACAAACCTTTCGCTATGTGGTGCTGCCGCTGGCAATCCCGGGTATTGCCGCTGGCTCTATCTTTACCT > CP009273/1508536‑1508832 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |