| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,539,827 | C→A | 100% | pseudogene (145/951 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 96.1% | 625.0 / 14.8 | 207 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/5); new base A (109/90); total (112/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATA > CP009273/1539681‑1539972 | tCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAt < 1:1114624/149‑1 (MQ=255) ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 2:1475206/149‑1 (MQ=255) ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 1:3866649/149‑1 (MQ=255) cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCAttg < 2:3016971/149‑1 (MQ=255) cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttg > 1:2123069/1‑149 (MQ=255) aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCAttggtt > 1:1060841/1‑149 (MQ=255) aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttgg > 2:793555/1‑149 (MQ=255) aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttgg < 1:2019742/149‑1 (MQ=255) aaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGc < 2:1685915/149‑1 (MQ=255) aaTGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTa > 1:3203316/1‑149 (MQ=255) tCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTg > 2:2421058/1‑149 (MQ=255) aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGtt < 1:3990778/149‑1 (MQ=255) aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGtt < 1:1953850/149‑1 (MQ=255) ttCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAt > 2:3536392/1‑149 (MQ=255) tCATTAGTGTCATCAATTATATTTATTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATCCCAAAGATGTTTTGATGATATTCGTTGATCAATGTAATTGGTTGTCAGTAAATTGTTAtt > 2:3645350/1‑149 (MQ=255) ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt > 1:2475528/1‑149 (MQ=255) gtgtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTaa < 2:195650/149‑1 (MQ=255) gtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGt > 1:409879/1‑149 (MQ=255) tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt > 1:3293439/1‑149 (MQ=255) tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt > 2:3181882/1‑149 (MQ=255) tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt < 1:292428/149‑1 (MQ=255) catcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGttt < 1:2207095/149‑1 (MQ=255) atcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTa > 1:1208193/1‑149 (MQ=255) caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaaa < 1:2544780/149‑1 (MQ=255) caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaaa < 1:3850893/149‑1 (MQ=255) aaTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAat > 2:3951863/1‑149 (MQ=255) aTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAata < 1:2983499/149‑1 (MQ=255) ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 2:3803728/1‑149 (MQ=255) ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 1:1884437/1‑149 (MQ=255) ttATATTTCTTACTGCAGTCAAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGACGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGAAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 2:767412/1‑149 (MQ=255) tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:1390708/1‑149 (MQ=255) tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:1007101/1‑149 (MQ=255) tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGGAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:34396/1‑149 (MQ=255) atTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa < 1:899432/149‑1 (MQ=255) atTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa < 1:714837/149‑1 (MQ=255) tttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAg > 1:2147753/1‑149 (MQ=255) ttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGt > 1:1734641/1‑149 (MQ=255) tCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGtt < 1:3957492/149‑1 (MQ=255) cTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGttt < 2:2503133/149‑1 (MQ=255) aCTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGt < 2:1865220/149‑1 (MQ=255) cTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTa > 1:4032647/1‑149 (MQ=255) cTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCAGTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTa > 1:1996440/1‑149 (MQ=255) aGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAgtgt < 1:2226550/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGtt > 1:2311292/1‑149 (MQ=255) gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGtt < 2:1348208/149‑1 (MQ=255) gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGAACAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGtt > 2:2304801/1‑149 (MQ=255) tCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttt > 2:505133/1‑149 (MQ=255) cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:3428655/149‑1 (MQ=255) cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:93521/149‑1 (MQ=255) cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:3428708/149‑1 (MQ=255) aGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTg > 2:473205/1‑149 (MQ=255) aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGct > 2:3366527/1‑148 (MQ=255) aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCg > 1:2033599/1‑149 (MQ=255) tGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGtt > 1:1373696/1‑149 (MQ=255) aTTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaa > 1:3886235/1‑149 (MQ=255) aTTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaa > 2:3837856/1‑149 (MQ=255) tttGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaaa < 2:1781883/149‑1 (MQ=255) tgCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAAtgtg < 1:1332637/149‑1 (MQ=255) gTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAata < 1:3515797/149‑1 (MQ=255) ttgttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTc < 1:3502782/149‑1 (MQ=255) tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt > 2:3740774/1‑149 (MQ=255) tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt < 2:3203337/149‑1 (MQ=255) tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt < 2:3203316/149‑1 (MQ=255) gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCGAGTTTTGTAGTGTTTTTGGAGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAATTGa > 2:3818137/1‑149 (MQ=255) gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGa < 1:3834940/149‑1 (MQ=255) cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAACGGGGAATTGCTTAAGATTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt < 2:1878013/149‑1 (MQ=255) cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 2:1552454/1‑149 (MQ=255) cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 1:2868108/1‑149 (MQ=255) cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 1:3095669/1‑149 (MQ=255) aaTACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttt > 2:662512/1‑149 (MQ=255) aTACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttta > 2:794356/1‑148 (MQ=255) aCATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCAt > 2:1494340/1‑149 (MQ=255) cATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATc < 1:1536436/149‑1 (MQ=255) aTGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATcc < 2:601620/149‑1 (MQ=255) tGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCt > 2:277568/1‑149 (MQ=255) tGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCt > 2:1163500/1‑149 (MQ=255) gCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTATAGTGATTGTTTTCATCCTg > 2:3306467/1‑149 (MQ=255) gCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTg > 2:2174056/1‑149 (MQ=255) ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTgg > 2:2312328/1‑149 (MQ=255) ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTgg < 2:3095669/149‑1 (MQ=255) aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGTTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgat > 2:1256545/1‑149 (MQ=255) aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgat > 2:3420936/1‑149 (MQ=255) aTGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATACTGGgatgat > 1:4087708/1‑149 (MQ=255) aTGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTAATCCTGGgatgat > 1:1228400/1‑149 (MQ=255) tttGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATtgtg < 1:2614937/149‑1 (MQ=255) tgatgaTATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTa < 1:2196621/149‑1 (MQ=255) tgatgaTATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTa < 2:2147753/149‑1 (MQ=255) gatgatATTATTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTTCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTaa < 2:3728896/149‑1 (MQ=255) tgatATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAata < 2:1266705/149‑1 (MQ=255) atatTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAAtata > 2:351218/1‑149 (MQ=255) ttAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAgg > 2:2079812/1‑149 (MQ=255) tAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTATTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTTGGATGATTGTTTAATATAAGGt > 2:2559410/1‑149 (MQ=255) aGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTc < 2:1318795/149‑1 (MQ=255) gTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCa > 1:1718234/1‑149 (MQ=255) ttGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAg < 1:1004413/149‑1 (MQ=255) tCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGAt > 2:3602492/1‑149 (MQ=255) aaTGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCa > 2:3994425/1‑149 (MQ=255) aaTGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATACTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCa > 2:2569820/1‑149 (MQ=255) tGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCata < 2:409879/149‑1 (MQ=255) tGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCata < 2:2475528/149‑1 (MQ=255) | TCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATA > CP009273/1539681‑1539972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |