Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,572,026 | A→T | 18.8% | L525* (TTA→TAA) | yddA ← | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,572,026 | 0 | A | T | 18.8% | 518.6 / 106.9 | 212 | L525* (TTA→TAA) | yddA | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (76/96); new base T (17/23); total (93/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATACG > CP009273/1571878‑1572174 | tatttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTa < 2:2771380/149‑1 (MQ=255) atttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTaa > 2:3591389/1‑149 (MQ=255) atttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTaa < 2:3555745/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |