Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,574,523 | T→A | 100% | L175F (TTA→TTT) | ydeM ← | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,574,523 | 0 | T | A | 99.1% | 709.2 / ‑2.5 | 213 | L175F (TTA→TTT) | ydeM | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (116/95); total (117/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCTGAATTACTGCGTCTG > CP009273/1574377‑1574667 | gTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTaaa > 1:2199587/1‑149 (MQ=255) gTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTaaa < 1:947/149‑1 (MQ=255) aCATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAaaaaaa > 1:159783/1‑149 (MQ=255) cATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAAt < 1:705069/149‑1 (MQ=255) aTAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATg > 1:2130952/1‑149 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGa > 2:3320434/1‑149 (MQ=255) tAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGa > 2:3904776/1‑149 (MQ=255) aaaCTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGAt > 1:1961165/1‑149 (MQ=255) cTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATaaa < 2:3649063/149‑1 (MQ=255) ttGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAAc > 1:3927322/1‑149 (MQ=255) ttGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAAc > 1:1889455/1‑149 (MQ=255) gCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCt > 1:3652298/1‑149 (MQ=255) ccATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTc > 1:3860954/1‑149 (MQ=255) cATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCa > 2:1434001/1‑149 (MQ=255) aTAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCaa > 2:3616048/1‑149 (MQ=255) ccGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAggg < 2:1095654/149‑1 (MQ=255) tGGGAGGCACAGAAAAATCACTGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCTATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTaa < 2:2283140/149‑1 (MQ=255) gggAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAAt > 1:1630212/1‑149 (MQ=255) gggAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAAt > 1:1168526/1‑149 (MQ=255) 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aTTTAAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCTGAATTACTGCGTCTg < 2:236485/149‑1 (MQ=255) | GTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCAAGAGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCTGAATTACTGCGTCTG > CP009273/1574377‑1574667 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |