| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,598,250 | G→T | 27.0% | T325T (ACG→ACT) | lsrC → | autoinducer 2 import system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,598,250 | 0 | G | T | 27.0% | 533.8 / 163.2 | 255 | T325T (ACG→ACT) | lsrC | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/78); new base T (39/30); total (147/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCT > CP009273/1598103‑1598398 | tAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc < 2:881605/149‑1 (MQ=255)tAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc < 1:4047301/149‑1 (MQ=255) gCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCa > 2:1870482/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |