| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,622,209 | G→T | 41.2% | V146F (GTT→TTT) | ydfG → | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,622,209 | 0 | G | T | 41.2% | 269.5 / 255.9 | 242 | V146F (GTT→TTT) | ydfG | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/80); new base T (48/52); total (110/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AAGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGACGG > CP009273/1622063‑1622357 | aGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGttt > 1:1068912/1‑149 (MQ=255) aGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGttt < 1:1979165/149‑1 (MQ=255) aGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGttt > 1:3857194/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |