Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,643,955 | C→A | 30.8% | A30A (GCC→GCA) | dicB → | Qin prophage; cell division inhibition protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,643,955 | 0 | C | A | 30.8% | 442.1 / 191.1 | 250 | A30A (GCC→GCA) | dicB | Qin prophage; cell division inhibition protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (89/83); new base A (45/32); total (134/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
ACGTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCC > CP009273/1643809‑1644103 | aCGTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCNAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTCTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCAAt < 1:2082115/149‑1 (MQ=255) tCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTaa > 1:2669164/1‑149 (MQ=255) aGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAAGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGaa < 2:951594/149‑1 (MQ=255) 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tATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTc > 1:2483280/1‑149 (MQ=255) tATTTACTGAAGATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTc > 1:1154234/1‑149 (MQ=255) tACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGt > 2:765213/1‑149 (MQ=255) tACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGt < 1:1008142/149‑1 (MQ=255) cTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGttt < 1:1822115/149‑1 (MQ=255) aGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCgg > 1:1411161/1‑149 (MQ=255) gATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGga < 1:2237938/149‑1 (MQ=255) gATGCAATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGga < 2:1870557/149‑1 (MQ=255) tGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGgaga < 1:1204659/149‑1 (MQ=255) ccATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGc > 2:3387933/1‑149 (MQ=255) ccATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGc < 1:2448627/149‑1 (MQ=255) cATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGcc > 1:1718403/1‑149 (MQ=255) | ACGTCACCTGGAGGCACCAGGCACTGCATCACAAAATTCATTGTTGAGGACGCGATAATGAAAACGTTATTACCAAACGTTAATACGTCTGAAGGTTGTTTTGAAATTGGTGTCACTATCAGTAACCCAGTATTTACTGAAGATGCCATTAACAAGAGAAAACAAGAACGGGAGCTATTAAATAAAATATGCATTGTTTCAATGCTGGCTCGTTTACGTCTGATGCCAAAAGGATGTGCACAATGAATTCAGCATTTGTGCTTGTTCTGACAGTTTTTCTTGTTTCCGGAGAGCC > CP009273/1643809‑1644103 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |