Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,783,091 | G→T | 100% | E134* (GAG→TAG) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,783,091 | 0 | G | T | 99.6% | 890.8 / ‑4.4 | 276 | E134* (GAG→TAG) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (150/125); total (151/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GGCTGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCG > CP009273/1782945‑1783234 | ggCTGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAg < 2:3565563/149‑1 (MQ=255) gCTGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGc < 2:3786057/149‑1 (MQ=255) cTGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCt < 1:825490/149‑1 (MQ=255) tGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTg > 2:2794788/1‑149 (MQ=255) aaaTCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGc > 2:2283171/1‑149 (MQ=255) aaaTCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGc > 2:2987061/1‑149 (MQ=255) aTCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGt > 1:3783671/1‑149 (MQ=255) tCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTc > 1:3849639/1‑149 (MQ=255) gTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTCTCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCACATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTccc > 1:1202810/1‑149 (MQ=255) aTGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAAc < 1:2050664/149‑1 (MQ=255) gcACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACcgcg > 2:886217/1‑149 (MQ=255) cTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCg > 1:1834150/1‑149 (MQ=255) ttttGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGt > 1:1658446/1‑149 (MQ=255) gAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCt > 2:178231/1‑149 (MQ=255) aCCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGAAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGata < 1:651800/149‑1 (MQ=255) cACGACCTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATg < 2:3789064/149‑1 (MQ=255) aCGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATgg > 1:693133/1‑149 (MQ=255) aCGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATgg < 2:2667440/149‑1 (MQ=255) gtaaCTGTTGTGGGCTGGAAAGGAATAATCACGTATCCATATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTNGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGt < 1:2083494/147‑1 (MQ=255) cGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGt < 1:2827276/149‑1 (MQ=255) gAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTg > 2:3204872/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGa > 1:1581975/1‑149 (MQ=255) aCTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGAc < 2:2546603/149‑1 (MQ=255) aCTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGAc > 2:3964945/1‑149 (MQ=255) cTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGAcc > 2:1823788/1‑149 (MQ=255) ggttgtCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCg < 1:3890377/148‑1 (MQ=255) tCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAg > 2:114869/1‑149 (MQ=255) tCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAg > 2:556148/1‑149 (MQ=255) ggCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGtt > 1:1720382/1‑149 (MQ=255) cTGTAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTa < 1:1132766/149‑1 (MQ=255) ggAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTAtt < 2:3091219/149‑1 (MQ=255) ggAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTAtt > 2:2062011/1‑149 (MQ=255) gAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTg > 1:2714233/1‑149 (MQ=255) gAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTg > 2:3008088/1‑149 (MQ=255) gAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTGTATTg > 1:3433473/1‑149 (MQ=255) aaaGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGc < 1:3005196/149‑1 (MQ=255) tAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTa > 1:2492650/1‑149 (MQ=255) tAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGAGTTa > 1:2447450/1‑149 (MQ=255) aaTCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTaa < 2:2275829/149‑1 (MQ=255) aaTCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTaa < 2:3479811/149‑1 (MQ=255) aaTCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTaa > 1:3190479/1‑149 (MQ=255) aaTCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTaa < 2:3509969/149‑1 (MQ=255) aTCTCCGATCCAGATTTACACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAAt < 1:405655/149‑1 (MQ=255) aTCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAAt > 2:329015/1‑149 (MQ=255) tctcCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATc < 2:2334864/149‑1 (MQ=255) ctcCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCa > 2:1651947/1‑149 (MQ=255) tcCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAg > 1:1684570/1‑149 (MQ=255) aGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGgcg > 1:1173075/1‑149 (MQ=255) aGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGgcg > 1:3714718/1‑149 (MQ=255) gATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGgcgc > 2:1311908/1‑149 (MQ=255) aTTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGcgcg > 2:213200/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTgg > 2:1529704/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTgg > 2:3471894/1‑149 (MQ=255) aCGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGgc < 1:1376225/149‑1 (MQ=255) ggCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGgcgc > 1:189970/1‑149 (MQ=255) gCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCa < 2:2761524/149‑1 (MQ=255) aGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGAGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGa < 1:2883817/139‑1 (MQ=255) aGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGAGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGa > 2:2883817/1‑139 (MQ=255) gCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGt > 1:1033026/1‑149 (MQ=255) tATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGtac > 2:612689/1‑149 (MQ=255) tCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGtacta > 1:3959736/1‑149 (MQ=255) cGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGtactac < 2:3638225/149‑1 (MQ=255) gggTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTAcc < 1:559404/149‑1 (MQ=255) aaTCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGAAATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAg > 2:400892/1‑149 (MQ=255) 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ggAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAcc > 2:443279/1‑149 (MQ=255) ggAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAcc > 2:100725/1‑149 (MQ=255) ggAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCAcc > 1:500740/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACcgc > 2:2399881/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACcgcg > 2:2461242/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACcgcg > 2:1258982/1‑149 (MQ=255) tGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGaa < 1:2205417/149‑1 (MQ=255) ggCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGaaa > 2:2492439/1‑149 (MQ=255) gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAAt < 2:2724309/149‑1 (MQ=255) cgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATg < 1:1060289/149‑1 (MQ=255) gcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATgg < 1:4006931/149‑1 (MQ=255) gcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATgg < 1:4005946/149‑1 (MQ=255) cAAATTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCtt < 2:1929796/149‑1 (MQ=255) aaaTTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTc < 1:2748898/149‑1 (MQ=255) aaaTTACTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTc > 1:2267728/1‑149 (MQ=255) 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cTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCAct > 1:3250299/1‑149 (MQ=255) cTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCAct > 2:3607071/1‑149 (MQ=255) cTTTTACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCAct > 2:1388307/1‑149 (MQ=255) tttACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCActct > 1:3075356/1‑149 (MQ=255) tACAGGTAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTcc < 1:252044/149‑1 (MQ=255) 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tAAATTAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCg > 2:3709062/1‑149 (MQ=255) | GGCTGGAAATCGTAATGCGCACCTATTTTGAAAAACCACGAACTGTTGTCGGCTGGAAAGGACTAATCTCCGATCCAGATTTAAACGGCAGCTATCGGGTAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCG > CP009273/1782945‑1783234 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |