| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,940,498 | G→T | 100% | intergenic (‑61/‑10) | yobI ← / → yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,940,498 | 0 | G | T | 99.1% | 729.6 / ‑2.1 | 224 | intergenic (‑61/‑10) | yobI/yebB | uncharacterized protein/DUF830 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (105/117); total (107/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACG > CP009273/1940352‑1940643 | aGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTaa > 1:2290640/1‑149 (MQ=255) ataATTTATTCTACATGTTATATTGTAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGa < 2:2256634/149‑1 (MQ=255) ataATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGTAATGa < 1:113908/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |