| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,951,127 | C→A | 44.2% | A46A (GCG→GCT) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,951,127 | 0 | C | A | 44.2% | 225.6 / 306.0 | 260 | A46A (GCG→GCT) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/66); new base A (68/47); total (147/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCC > CP009273/1950980‑1951275 | gagaTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCg > 1:2054765/1‑149 (MQ=255) agaTAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGc > 2:369717/1‑149 (MQ=255) tAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTTGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATATCTcc > 1:2645769/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |