| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,122,453 | C→T | 100% | A227T (GCT→ACT) | wcaE ← | putative glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,122,453 | 0 | C | T | 96.2% | 852.3 / 17.8 | 263 | A227T (GCT→ACT) | wcaE | putative glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/5); new base T (137/116); total (142/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGCCCAAAAGCCAGGCACATGTAATATTTGTCGTTGGACTTTTTTCGCGTCAGCACACAATTCCATATTATTGGTGGTAGATACCCCACCCATGGAAAATTCAGACACCAGGCCATTGAGTTTTTTAAATGCATAACCGGCTTTATA > CP009273/2122307‑2122597 | cTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCaa > 2:3656174/1‑149 (MQ=255) aaTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGc < 2:3989224/149‑1 (MQ=255) aTAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCTCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGTACGTTGGCGTAAATGCCAGGATAATTCAGTCCAAAAGcc < 2:1209661/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |