| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,456,705 | C→A | 100% | S72Y (TCC→TAC) | yfdF → | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,456,705 | 0 | C | A | 97.2% | 660.5 / 8.6 | 211 | S72Y (TCC→TAC) | yfdF | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/4); new base A (116/88); total (118/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GATGAAGTTAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTCCTCAGTTACTTATATTGATATTGACTCCAATGATACAGACCATATTACTATTGGTATCGACAACCAAGAACCAATAGAATTACCTGCGAACTATAAAGACAAAGAACTCGTCCGTACTATCATTAATGACAACATAGTTGAGAAGAC > CP009273/2456560‑2456852 | gatgaAGTTAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTc < 1:3425855/149‑1 (MQ=255) gaAGTTAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACTAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGt < 2:2517157/149‑1 (MQ=255) gaAGTTAATGGATTAGTACAAGAGATCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGt < 2:3310861/149‑1 (MQ=255) 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tAATGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGTTACtt < 2:1098735/149‑1 (MQ=255) aaTGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGTTACTta > 2:3613066/1‑149 (MQ=255) aaTGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGTTACTta < 1:2021927/149‑1 (MQ=255) aTGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGTTACTtat > 1:3694186/1‑149 (MQ=255) tGGATTAGTACAAGAGTTCAAAAACCTTTTTAATGGTAAGGAAGGAATAAGCACCTGTATTAAACATCTACTTGAGCTTATAAAAAACGCCATACGAGTAAACGACGATCCTTATAGATTTAATATTAATAATTACTCAGTTACTtata > 2:1463370/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |