| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,543,355 | T→A | 42.4% | N184Y (AAC→TAC) | yfeX ← | porphyrinogen oxidase, cytoplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,543,355 | 0 | T | A | 42.4% | 155.5 / inf | 259 | N184Y (AAC→TAC) | yfeX | porphyrinogen oxidase, cytoplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/64); new base A (63/47); total (148/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GAACAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCACGCT > CP009273/2543211‑2543501 | aaCAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAgct < 1:1714072/149‑1 (MQ=255) aaTCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTAGAgctgct < 2:2131841/149‑1 (MQ=255) tCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTc > 1:2348500/1‑149 (MQ=255) 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gATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTcaaca > 2:4114248/1‑149 (MQ=255) cGTGAACGCTCATCCGGTAGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAg < 1:2556199/149‑1 (MQ=255) gTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGc > 2:2667417/1‑149 (MQ=255) gTGAACGCTCATCCGGTAGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGc < 1:634513/149‑1 (MQ=255) aCGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCt > 2:3189751/1‑149 (MQ=255) 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aTCCGGTAGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTc > 2:668204/1‑149 (MQ=255) tCCGGTAGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCa > 2:697803/1‑149 (MQ=255) | GAACAATCTTCAGCCCTTTGCCATCTTCTTTCAGATCAACGCGGGTGAGGTGAGAGGTTTCCGGACGTTCGTCGCCGTCGATCTCTTCGTTGGCCTCTTTGGTGCGCCCGATCACCATCTCCTGATCGTGAACGCTCATCCGGTTGAGCTGCTTCAGGTTGTGTTCCCAACGCTGGACAAACACATAGCTGCCGCCCGCATCCACGCCGTCTTTGATAACCGCCACTTCGCGACGCGTCTCTTCACCCGCCGGGTTTTCCGTACCGTCAACAAAGCCGCTCAGGTCACGCT > CP009273/2543211‑2543501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |