Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,751,558 | G→T | 100% | T134T (ACC→ACA) | yfjH ← | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,751,558 | 0 | G | T | 98.8% | 808.0 / 0.2 | 246 | T134T (ACC→ACA) | yfjH | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (95/147); total (97/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAC > CP009273/2751412‑2751703 | aTGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTaa < 1:740918/149‑1 (MQ=255) aTGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTaa > 2:1791472/1‑149 (MQ=255) tGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGTAAg < 1:2475510/149‑1 (MQ=255) 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cTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAc > 2:2888322/1‑149 (MQ=255) cTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAc < 1:2561963/149‑1 (MQ=255) | CGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAC > CP009273/2751412‑2751703 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |