| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,828,952 | C→A | 100% | T611T (ACG→ACT) | hypF ← | carbamoyl phosphate phosphatase and maturation protein for [NiFe] hydrogenases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,828,952 | 0 | C | A | 97.6% | 624.2 / ‑4.4 | 223 | T611T (ACG→ACT) | hypF | carbamoyl phosphate phosphatase and maturation protein for [NiFe] hydrogenases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/13); new base A (101/108); total (101/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GGTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTAATT > CP009273/2828806‑2829098 | ggTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGt < 2:2610539/149‑1 (MQ=255) gTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtg < 2:2432236/149‑1 (MQ=255) gTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtg > 2:731363/1‑149 (MQ=255) tgcctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtgg < 1:1100145/149‑1 (MQ=255) gcctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggc < 2:205890/149‑1 (MQ=255) gcctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggc < 2:2280253/149‑1 (MQ=255) cctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggct < 1:435358/149‑1 (MQ=255) ctgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggctg > 1:912633/1‑149 (MQ=255) tgccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggctgg > 1:2279835/1‑149 (MQ=255) gccAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGtggctggc < 1:2496882/149‑1 (MQ=255) cAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGgcgc > 1:3418030/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGcac > 1:1605155/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGcac > 1:3077004/1‑149 (MQ=255) ttCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGcaca > 1:4030667/1‑149 (MQ=255) gCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGccc < 2:4080534/149‑1 (MQ=255) gCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGccc < 2:2043976/149‑1 (MQ=255) cACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAg > 1:491350/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGt < 1:1446917/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTAAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAga > 1:376493/1‑148 (MQ=255) ctgctgCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTg < 2:3469897/149‑1 (MQ=255) tgctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgc < 2:1213510/149‑1 (MQ=255) tgctgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgc < 2:3264407/149‑1 (MQ=255) tgcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccgc < 2:4001491/149‑1 (MQ=255) gcCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccgcc > 1:3754911/1‑149 (MQ=255) ccAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTgccgccg > 2:3623608/1‑149 (MQ=255) aaaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCAc < 2:1593345/149‑1 (MQ=255) aaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACt > 1:1512878/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACt > 1:3561476/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACt > 1:2122774/1‑149 (MQ=255) ggCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCAt < 2:2585226/149‑1 (MQ=255) agaTCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGaa > 1:1343374/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGaaaa < 2:2695879/149‑1 (MQ=255) ccAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGaaaaaa < 2:1088350/149‑1 (MQ=255) cAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAAc < 1:674383/149‑1 (MQ=255) cAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAAc > 2:1816559/1‑149 (MQ=255) gTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGc < 1:3510884/149‑1 (MQ=255) ttGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGcc > 1:3531391/1‑149 (MQ=255) tGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGccc < 1:3230136/149‑1 (MQ=255) ttGTCCACCCGCGGCTTTGTCACCGGTTGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcaca < 1:2393382/149‑1 (MQ=255) ttGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCcaca > 2:1281983/1‑149 (MQ=255) ccACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGAt < 2:3561476/149‑1 (MQ=255) cACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATg > 1:80884/1‑149 (MQ=255) gcgGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGcc < 2:4014469/149‑1 (MQ=255) cATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAgcg > 2:3394535/1‑149 (MQ=255) cACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGt < 2:1359744/149‑1 (MQ=255) ccgggATGGGTCACTCCGGGGATTGTGGGTGCGAGCGCCTCCAGAGCACACGCCGCTTCACCTTCATAACTTACCGTGGCGGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACGGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGtt < 1:1044159/146‑1 (MQ=255) aCCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGtt < 1:3023593/149‑1 (MQ=255) cGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTaa < 1:590592/149‑1 (MQ=255) cGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTaa < 2:2124544/149‑1 (MQ=255) ggATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACTATGACGCCAGCGGCGCGTTAAt < 2:1770996/149‑1 (MQ=255) ggATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAAt < 1:145102/149‑1 (MQ=255) ggATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAAt > 1:1966407/1‑149 (MQ=255) gATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAAtt < 2:1912315/149‑1 (MQ=255) gATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAAtt < 2:828267/149‑1 (MQ=255) aTGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTc < 2:3933395/149‑1 (MQ=255) tCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTACAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGc < 2:600382/149‑1 (MQ=255) tCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGc < 2:600926/149‑1 (MQ=255) tCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGc > 1:1035451/1‑149 (MQ=255) cGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACCGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATg < 1:2016368/149‑1 (MQ=255) ggCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGATTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGcc < 1:1731288/149‑1 (MQ=255) gCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGccc < 2:1027351/149‑1 (MQ=255) aTGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCcgc < 1:2783980/149‑1 (MQ=255) taGCGCATACATAGCACAAGCCGCTTCACCTGCATAACTTAACGTGGCTGGCTCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGTATAAACGCCCACACGATGACTCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCActc < 2:2398271/148‑3 (MQ=255) 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ccTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAg < 1:2804644/149‑1 (MQ=255) ccTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAg < 1:643033/149‑1 (MQ=255) ccTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGAAGACGCCAGCGGCGCGTTAAATCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAg > 2:675745/1‑149 (MQ=255) tCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGtt < 2:296632/149‑1 (MQ=255) agCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCt > 1:2453604/1‑149 (MQ=255) 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ccTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGt < 1:2176588/149‑1 (MQ=255) ccTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGt > 1:424612/1‑149 (MQ=255) ccTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGt > 2:736810/1‑149 (MQ=255) cTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGtt < 2:3282969/149‑1 (MQ=255) cTTCATAACTTAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGtt < 2:3467389/149‑1 (MQ=255) 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ttAAAGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTaa > 1:2234097/1‑149 (MQ=255) aaCGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTAAtt < 2:489603/149‑1 (MQ=255) | GGTGCCTGCCAGTTCAGCCACTGCTGCCAGAAAGTGGCGAGATCCAGTTGATTGTCCACCCGCGGCATTGTCACCGGATGCGTCACTCCGTGGCATGAGGCTGCGAGCGCCTCCAGAGCACAAGCCGCTTCACCTTCATAACTTAACGTGGCTGGCGCACAGCCCAGTGCCGCCGCCACTGCATCGAAAAAACGCCCACACGATGACGCCAGCGGCGCGTTAATTCCACGCTCAATGGCCCGCGCCAGCACGCTCCAGTTTTGCTGTTGCACACTTGCTGTTTCAGAGTAATT > CP009273/2828806‑2829098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |