| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,921,101 | C→A | 100% | intergenic (+70/‑487) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,921,101 | 0 | C | A | 99.1% | 733.5 / ‑2.1 | 224 | intergenic (+70/‑487) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (84/138); total (84/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920955‑2921245 | tACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat < 1:3656058/149‑1 (MQ=255)tACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat < 2:1987616/149‑1 (MQ=255)tACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat < 2:24881/149‑1 (MQ=255)tACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaat < 1:1835661/149‑1 (MQ=255) aCAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACtcatttaatt < 1:246702/149‑1 (MQ=255) aGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTg > 2:2578083/1‑149 (MQ=255) aGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTg > 2:2325850/1‑149 (MQ=255) gggTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGt < 1:2592236/149‑1 (MQ=255) ggTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGtt < 1:3113882/149‑1 (MQ=255) tttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTtata > 2:906083/1‑149 (MQ=255) tttGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCAGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTtata < 2:2031209/149‑1 (MQ=255) ttgCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGaa < 1:1893128/149‑1 (MQ=255) ttgCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGaa < 2:1718737/149‑1 (MQ=255) cccAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGt < 2:3249215/149‑1 (MQ=255) 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cAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAatat < 1:812479/149‑1 (MQ=255) aGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATatc < 1:2822850/149‑1 (MQ=255) ccTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATatcat < 2:2536607/149‑1 (MQ=255) cTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATatcatc > 1:3063668/1‑149 (MQ=255) cATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATcaca > 2:2009637/1‑149 (MQ=255) 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aaaTCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATa < 2:2414098/149‑1 (MQ=255) aaaTCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATa > 2:181495/1‑149 (MQ=255) cTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAt < 1:1694538/149‑1 (MQ=255) tGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAtt > 1:4028737/1‑149 (MQ=255) tGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTAATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAAtt < 2:3418817/149‑1 (MQ=255) 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atttaatttTTTATATGAAAGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGACATACACTTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATATTCATAAACCGTATTTTATCGATATGAAAAAGAAATTATCGCAAta > 2:1944642/1‑148 (MQ=255) | TACAGGGTTTTGTTGCCCAGCATCGTATGAAGTTGCCAGGCTCAGCCTACATCCCTTGCTACGAAATCTGCACGTAATCTCCGCTCCCCCGGTGACGTTTGTTGCCGGGTTTTCTCGTTTTTGGTCACTTACTCATCAACTCATTTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATGAAAAAGAAATTATCGCCATG > CP009273/2920955‑2921245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |