Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,921,245 | G→T | 100% | intergenic (+214/‑343) | ygdH → / → sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,921,245 | 0 | G | T | 98.7% | 737.5 / 0.5 | 226 | intergenic (+214/‑343) | ygdH/sdaC | UPF0717 family protein/putative serine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (121/102); total (123/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
TTCATTTGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATGATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGTTCAACCTACATATATTGCGCGCCCCGGAAGAAGTCAGATGTCGTTTAATGGGCAAATATTGCCCTTAAATTCTCTTTTACTTTTGATTTACAGAGTAAAGCGTTGGGATAATCTATCTT > CP009273/2921099‑2921392 | ttaatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTAt < 1:2888830/146‑1 (MQ=255) ttaatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTAt < 2:3393213/146‑1 (MQ=255) taatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCattatt < 2:3900130/147‑1 (MQ=255) aatttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCAttatta > 2:1610912/2‑149 (MQ=255) atttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTaa < 2:2294281/149‑1 (MQ=255) atttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTaa > 2:721233/1‑149 (MQ=255) tttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAAc > 1:3779514/1‑149 (MQ=255) tttGTTATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAAc > 1:3779795/1‑149 (MQ=255) ttATATGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaa > 1:2650435/1‑149 (MQ=255) tataTGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaaa > 2:1711624/1‑149 (MQ=255) tataTGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaaa < 2:689238/149‑1 (MQ=255) tataTGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTaaaa < 2:1564703/149‑1 (MQ=255) atatGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAg < 1:2484250/149‑1 (MQ=255) tatGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGt > 1:551632/1‑149 (MQ=255) atGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTa > 2:2743894/1‑149 (MQ=255) tGAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAt < 1:3029918/149‑1 (MQ=255) gAATGTTTCTTCCCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAtt < 2:1476860/149‑1 (MQ=255) gAATGTTTCTTACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTAtt > 1:3217367/1‑149 (MQ=255) 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ttACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTc > 1:711265/1‑149 (MQ=255) tACCACCCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTGTTCa > 2:2650822/1‑149 (MQ=255) accaccCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAg > 1:3381394/1‑149 (MQ=255) ccaccCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGt < 1:2578083/149‑1 (MQ=255) caccCTCACGCGACAAATATCATCACAGTTAATATGTCATACAATTTATGTTGCAACGCAAACGTTTCCCTATTTTCATAAACCGTATTTTATCGCTATG‑AAAAAGAAATTATCGCCATTATTAACTAAAAGTATTGATTTTTTCAGtt < 2:1443648/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |