| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 259,494 | G→T | 100% | C75* (TGC→TGA) | yafW ← | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 259,494 | 0 | G | T | 100.0% | 832.4 / NA | 246 | C75* (TGC→TGA) | yafW | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (137/109); total (137/109) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCA > CP009273/259348‑259639 | ccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTg < 2:3166572/149‑1 (MQ=255) cgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTgg < 1:1584609/149‑1 (MQ=255) gcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTggg > 2:2826497/1‑149 (MQ=255) gcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTggg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |