| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,986,052 | G→T | 100% | L200F (TTG→TTT) | ygeH → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,986,052 | 0 | G | T | 99.5% | 729.8 / ‑4.3 | 219 | L200F (TTG→TTT) | ygeH | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (106/112); total (107/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
GGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAG > CP009273/2985906‑2986197 | ggTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTAt < 2:329071/149‑1 (MQ=255) ctctATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGa < 1:1073812/149‑1 (MQ=255) ctctAGACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGa < 1:3128003/149‑1 (MQ=255) ctATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACg > 2:492757/1‑149 (MQ=255) tataCCTATCCGATGGCTGCTACAAATTTTTTTAATTATAAAATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGc < 1:2881600/149‑1 (MQ=255) ataCCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCt < 1:452750/149‑1 (MQ=255) cTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaa > 2:2536518/1‑149 (MQ=255) cTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTaaaa > 2:2536252/1‑149 (MQ=255) aTCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAAc > 1:110975/1‑149 (MQ=255) tCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAAcc < 1:1243290/149‑1 (MQ=255) cGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCtt > 2:3693149/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCtttt > 2:1959825/1‑149 (MQ=255) ggCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTcc < 2:1569241/149‑1 (MQ=255) cTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTc < 2:3441571/149‑1 (MQ=255) cTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTc > 1:252128/1‑149 (MQ=255) gACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCg > 1:59454/1‑149 (MQ=255) cAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGcc < 1:1281515/149‑1 (MQ=255) cAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGcc < 1:3332682/149‑1 (MQ=255) 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tttGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAat > 2:247178/1‑149 (MQ=255) ttGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATCCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAatc > 2:3231876/1‑149 (MQ=255) tAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAatcatc > 1:238366/1‑149 (MQ=255) tAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAatcatc > 1:3824247/1‑149 (MQ=255) tGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTcc > 2:11726/1‑149 (MQ=255) 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atCTCAATATTCTTTCTTGAGCAGTTTCAAGCCAGATTATTTCTTTACTGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTtgatg < 2:3092018/149‑1 (MQ=255) atCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTtgatg < 1:494314/149‑1 (MQ=255) tctaAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTtgatga < 2:2665131/149‑1 (MQ=255) tcAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAAc > 2:3783326/1‑149 (MQ=255) tcAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAAc < 2:70108/149‑1 (MQ=255) 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attcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACataata > 1:337559/1‑149 (MQ=255) attcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACataata > 2:1744666/1‑149 (MQ=255) tacattaGCAGATTAAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAAAACTATATAAATATAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGACAGAAATAATATCACTGTTGATGAACTACATAATAc > 2:1665153/7‑149 (MQ=255) tcTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACa < 1:1406945/149‑1 (MQ=255) ttGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATc > 1:1801999/1‑149 (MQ=255) aGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAAtt < 2:3824247/149‑1 (MQ=255) aTTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATtta < 1:3888576/149‑1 (MQ=255) ttCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATttat > 1:1957267/1‑149 (MQ=255) tCAAGCCATATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATttatt < 2:778607/149‑1 (MQ=255) cAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATttatta > 1:73492/1‑149 (MQ=255) aGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATtata > 1:966773/1‑149 (MQ=255) aGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATtata < 2:104496/149‑1 (MQ=255) ccAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGa < 2:1274096/149‑1 (MQ=255) cAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGat > 1:3325077/1‑149 (MQ=255) cAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGat < 2:802598/149‑1 (MQ=255) aGATTATTTCGTTACAGTAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAAAACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGata < 2:2903669/149‑1 (MQ=255) gATTATTTCGTTACAGGAATAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataa < 2:113816/149‑1 (MQ=255) gATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataa > 2:1570340/1‑149 (MQ=255) attattTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGataat > 2:1128437/1‑149 (MQ=255) tCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCtt > 2:3469747/1‑149 (MQ=255) tCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCtt < 1:2612439/149‑1 (MQ=255) cGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTc < 1:1187229/149‑1 (MQ=255) ttACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCaa > 2:2836744/1‑149 (MQ=255) tACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCaaa < 1:456405/149‑1 (MQ=255) aCAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAAc > 2:3967235/1‑149 (MQ=255) 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aaCACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGAtt < 2:308927/149‑1 (MQ=255) aaCACTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGAtt < 2:1817320/149‑1 (MQ=255) acacTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTa < 2:2357677/149‑1 (MQ=255) cacTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAg > 1:551606/1‑149 (MQ=255) cTTTATACATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCt < 2:451500/149‑1 (MQ=255) 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aCATTGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAg > 1:2103720/1‑149 (MQ=255) ttGAGTTTATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGAc < 2:3282052/149‑1 (MQ=255) | GGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAATTTATTATAGATAATATCCTTCAAACGGTACATAAACCAGAACGATCTGTAAGATTAGCTAAGCAGGACCAAG > CP009273/2985906‑2986197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |