| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 263,564 | G→T | 36.4% | I51I (ATC→ATA) | yafZ ← | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 263,564 | 0 | G | T | 36.4% | 307.2 / 179.6 | 207 | I51I (ATC→ATA) | yafZ | CP4‑6 prophage; conserved protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/61); new base T (36/40); total (106/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
TTTCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACGGG > CP009273/263416‑263712 | tttCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGgag > 2:2806185/1‑149 (MQ=255) tCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAt < 1:1632288/149‑1 (MQ=255) cGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGAtgg > 1:1345510/1‑149 (MQ=255) 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cTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGATATGGTGGGta < 2:2543201/149‑1 (MQ=255) gTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGtata > 1:2404021/1‑149 (MQ=255) tttACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGtatat > 1:3079317/1‑149 (MQ=255) ttACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGATATGGTGGGtatata < 2:1139946/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCCGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAgg > 2:4066660/1‑149 (MQ=255) 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tGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAgcgc < 1:441778/149‑1 (MQ=255) gTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGcgcg > 1:3183238/1‑149 (MQ=255) gTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGcgcg > 1:604643/1‑149 (MQ=255) gTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGcgcg > 1:1497228/1‑149 (MQ=255) gCAGGGATATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGcc > 2:1167526/1‑149 (MQ=255) 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gaTGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACggg > 1:1662935/1‑149 (MQ=255) gaTGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACggg > 1:3807123/1‑149 (MQ=255) | TTTCCGGCACCTGTTTACCGGTGATCTGCCCTTCCCGCCGCAGACGCAGCATATGCTTTGTATGTTCACGACGACCCGGGTCACGCACGCGGGTCTGACAGGCAAAGAATGGCTGGAAGCCTTCTCGCTGTAGGCTGTCGAGCAGGGAGATGGTGGGTATATAGGTATAACGCTCACTACGGGACTCGTGTTTGTCCTCACTGAATACACTGGGCACTACGCGAAACAGCTCTTCACGGGTTAACGGACGGTCGCGACGGATAAGGTTTGCTGCGCCAAAGCGCGAAGCCAGACGGG > CP009273/263416‑263712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |