| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,232,997 | T→A | 50.3% | intergenic (+93/‑306) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,232,997 | 0 | T | A | 50.3% | ‑6.6 / 266.3 | 169 | intergenic (+93/‑306) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/18); new base A (43/42); total (109/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAG > CP009273/3232849‑3233145 | cttttATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTATGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt < 2:1514913/147‑1 (MQ=255) ttattaTCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTCAttttt > 1:3138970/1‑149 (MQ=255) tattatCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTc > 1:2905564/1‑149 (MQ=255) 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agGGTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTGCTTTTTTGATGTTGTGATCAGTGTGGTAGCCGCCCGGTGGCTTTATTTTTTTGTc > 1:3620908/1‑149 (MQ=25) gggTCGGGGTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAACCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGTTGTTGTAATCAGTATGGAAGCCCCACGTTGGCTTTATTTTTTTTTCa > 1:3896144/1‑149 (MQ=37) gggggTGTGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACGGTGTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGa < 1:2502337/148‑1 (MQ=38) ggTGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCCTCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAAt > 2:3792532/1‑149 (MQ=255) gTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCACTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCCTCAGTCGGGAAGCCGCACGTTGGGTTTATTTTTATGTCAAAGAAATg > 2:1898622/1‑149 (MQ=255) tGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGCCTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGGCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt > 2:2067735/1‑149 (MQ=255) tGAGGGTAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGt < 1:2653465/149‑1 (MQ=255) tAATATTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAt < 1:170579/149‑1 (MQ=255) aaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAtt < 2:2397503/149‑1 (MQ=255) aaTTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCAtt < 2:1073538/149‑1 (MQ=255) tttttCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTATGGAAGCCGCACGTTTGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTaa > 2:1094769/1‑149 (MQ=255) ttttCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAg < 1:3578670/149‑1 (MQ=255) | CGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCA‑TTAACATGAGCACCG‑TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAG > CP009273/3232849‑3233145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |